。在宮廷權貴的壓力下，他把王位傳給了他的姑母，菲利浦三世之女瑪麗亞？特蕾莎與法王路易十四的孫子安茹公爵菲利普（也就是後來的腓力五世），對此強烈不滿的哈布斯堡奧地利分支與英國結盟，與法國開戰，史稱西班牙王位繼承戰爭，最終西班牙波旁王朝將西屬尼德蘭、那不勒斯王國、撒丁島、西西里島以及其他一部分義大利領地歸還奧地利，以換取奧地利承認波旁王室的西班牙王位繼承權。
一次差不多的時間裡，哈布斯堡王朝的另外一個分支也不是很好，1740年10月20日，神聖羅馬帝國皇帝卡爾六世去世。卡爾和他的兄長都沒有男性後裔，因此他的長女瑪麗亞？特蕾莎繼承了他奧地利大公、波希米亞和匈牙利的王位。而他的女婿洛林公爵弗朗茨於1745年9月13日，當選神聖羅馬皇帝。此後，弗朗茨皇帝將妻子的姓氏加在自己姓氏的前面，他們的後裔都採用“哈布斯堡…洛林”的姓氏。自此，奧地利進入哈布斯堡…洛林皇朝，而弗朗茨皇帝和瑪麗亞？特里薩皇后成為皇朝的創始人。皇朝歷經數次變故，包括1806年，法皇拿破崙一世解散神聖羅馬帝國。但當時的哈布斯堡君主，前神聖羅馬皇帝弗朗茨二世早於1804年整合各哈布斯堡領地，改稱奧地利皇帝弗朗茨，以回應拿破崙稱帝。1867年，為了化解普奧戰爭失利對帝國的衝擊，奧地利帝國又改稱為奧匈帝國，對奧地利帝國與匈牙利王國實施二元統治。皇朝因第一次世界大戰失敗而1918年被推翻。奧匈帝國隨即遭到肢解，奧地利成立共和國，哈布斯堡皇室被迫流亡海外。
西班牙的哈布斯堡王朝於1700年絕嗣而亡，而奧地利的王朝於1740年絕後，隨即被分支哈布斯堡…洛林皇朝取代，直至1918年帝國被共和國取代。今日，部分哈布斯堡王族後裔依然生存，分別定居於奧地利、列支敦斯登和德國，現時他們的族長是奧地利末代皇儲、曾任歐洲議會議員的奧托？馮？哈布斯堡。至此哈布斯堡王朝可以說就退出了人們的視線了。
哈布斯堡王朝是歐洲歷史上最為重要、影響力最大、統治地域最廣的王室家族，該家族成員曾出任過奧地利、匈牙利、比利時、荷蘭以及德國等國君主。 ；可是到18世紀，這個家族卻突然衰落，其原因令人困惑。然而科學家們最新研究發現， ；近親結婚可能是導致這個歐洲皇室家族衰落的主要原因。
哈布斯堡王室家族成員流行與他們親屬結婚的傳統，以此保持家族血統純正。但此舉卻對他們的後代產生可怕的結果，這些遺傳疾病在最後一位直系繼承人查爾斯二世身上的表現最明顯。
查爾斯二世綽號“中魔者”（西班牙語：el ；hechizado），因為當時的人們認為，查爾斯二世的身體和心理疾病是巫術詛咒造成的結果。直到四歲後，查爾斯二世才會講話；直到8歲後，他才會走路；他的個子很矮，身體也相當纖瘦而且孱弱；他對周圍的一切事物幾乎都不感興趣；他30歲的時候，看起來卻老態龍鍾，腿、腳、腹部以及臉上都浮腫；在他去世前的幾年，他幾乎不能自己站立，還遭受著幻覺和痙攣的折磨。
科學家們的研究顯示，由於遺傳祖先紊亂基因，查爾斯二世至少遭受兩種遺傳疾病的困擾。一種是造成荷爾蒙失衡的垂體激素不足，影響了他的生長發育；第二種是腎疾。 ；此外，查爾斯二世還患有家族成員特有的“哈布斯堡唇（下頜前突畸形）”畸形，他的舌頭很大，以至於他說話困難，經常流口水。他的頭也太大，腸道位置顛倒，身體經常抽搐等。
儘管查爾斯二世身體畸形，並有嚴重的健康問題，但他依然結過兩次婚，希望繼續維持哈布斯堡王朝的統治。但是直到他39歲去世，也沒有留下任何繼承人，哈布斯堡王朝在西班牙的直系從此滅亡。