並承繼了家族對奧地利和阿爾薩斯的管治。
此時，查理五世成了統治最多領土的歐洲君主，不過仍然不斷出征，如對付基督新教徒以及顎圖曼帝國的入侵。因此，查理五世所統治國家的內政，多由他的代理人處理，在西班牙的代理人是他的兒子菲利浦王子（也就是後來的腓力二世），而在奧地利的是他的弟弟費迪南大公（也就是即後的斐迪南一世）。
雖然，哈布斯堡皇朝的領地面積已冠全歐，但皇朝為擴張而進行的征戰並未止歇。
1526年8月29日，匈牙利兼波西米亞國王路易二世與顎圖曼土耳其蘇丹‘奇蹟王‘蘇萊曼一世，在匈牙利首都布達佩斯附近的摩哈赤激戰，史稱第一次摩哈赤戰役。土耳其軍戰勝匈牙利軍，路易不幸戰死沙場。但顎圖曼帝國並無長期佔領匈牙利，反而在9月時撤軍。此時，神聖羅馬皇帝查理五世的弟弟，奧地利大公費迪南以路易的姐夫身分繼承匈牙利和波西米亞國王。雖然在匈牙利出現了爭位者，但很快便被平定。自此，匈牙利、波西米亞和摩拉維亞一直在哈布斯堡皇朝的管治之下，直至1918年。而西里西亞（今日波蘭南部）也暫時成為哈布斯堡皇朝的領地。
1556年，查理五世因為在擊潰新教力量的最後努力失敗後，查理五世就開始脫離政治生活。因此決定將西班牙王位和奧地利大公分別讓與他的兩位代理人，並讓他們各自的子孫世襲他們自己的王位，不得互傳。自此，哈布斯堡王朝正式分為奧地利分支和西班牙分支，查理五世時期一人統領王朝領地的局面也不再出現。
“李先生，要是可以阻止的話我是不希望我的家族在這個時候出現分裂的，雖然分裂後的王朝發展的好像更快了一點，但是我感覺這好像就是我們失敗的原因了。”跟誰說起自己家族的輝煌的時候都是非常的。hetiqi。的，尤其是跟李從這麼一個成功的傢伙說起來就更加的。hetiqi。了。
李從點了點頭，示意這個傢伙繼續說下去，因為自己也正在組建一個巨大的帝國，所以需要的經驗肯定是會很多的，多學習一點可是不會有什麼壞處的。
1556年，查理五世將奧地利大公之位讓與其弟匈牙利及波希米亞國王斐迪南一世，並立費迪南為神聖羅馬帝位的繼承人。但根據查理的遺囑，費迪南及其子裔喪失了繼承為西班牙國王的權利。此舉使費迪南成為了奧地利哈布斯堡皇朝的首位君主。自此，奧地利哈布斯堡皇朝統治奧地利，匈牙利及波希米亞直至1740年卡爾六世去世瑪麗婭？特蕾西婭繼承王位，歷10代君主，這二百多年亦是歐洲歷史上戰爭最多的時期。之後歐洲兩大陣營為了爭奪奧地利王位和在奧地利獲取利益爆發了奧地利王位繼承戰爭。
1504年卡斯蒂利亞女王伊莎貝拉（isabella ；of ；castile）病逝。由於，她與阿拉貢國王費迪南二世（ferdinand ；ii ；of ；aragon）所生的兒子都不幸夭折，在伊莎貝拉身故以後，女王儲胡安娜（joanna ；the ；mad）繼承卡斯蒂利亞王位。神聖羅馬皇帝馬西米連一世的兒子菲利浦以胡安娜的王夫的身分，和岳父費迪南一起監國。1516年，費迪南病逝後，胡安娜和菲利浦的兒子，勃艮地公爵查理（西班牙語名：卡洛斯；德語名：卡爾，也就是後來的查理五世）繼承西班牙（卡斯蒂利亞和阿拉貢）王位，是為卡洛斯一世，其後於1556年將西班牙王位讓與其子菲利浦二世（philip ；ii），並廢除了菲利浦及其後裔繼承奧地利爵位的權利，正式揭開了西班牙哈布斯堡王朝的序頁。
1700年，西班牙國王卡洛斯二世的去世，結束了哈布斯堡家族對西班牙歷5代的統治