攻瓦崗軍時，因為攻山時死傷慘重，於是便在破寨之後，洩憤將山寨一把火燒毀。而那些簡陋的茅屋寨牆全是木製結構，燒起來容易，搭起來也不難，待隋軍撤走後，瓦崗山的山民便又回到故地，重建村寨。
不過周軍的此次進攻，方法卻大不一樣，他們每攻陷一座村落和寨子，並沒有放火燒掉，反而在佔領的山寨加強建設。增加了碉堡，崗哨等設施，築建石牆，步步為營向山內進逼。
每打下一處村寨，就將這處村寨變成了自己的一處進攻據點。
要知道這些村寨，不是立於山中較為平緩的肥沃地方，就是立於瓦崗山內的關隘險要之處，戰略地位皆非常重要。
周軍掌控了這些村寨後，自然便極大地壓縮了魏軍和瓦崗山山民的生存空間。
而且凡是遇上那種舉寨逃亡，進入深山的山民，周軍便在此留駐兵馬，安排當地官吏在此管轄，同時遷來已經服服貼貼的瓦崗山流民，以及從平原上招募而來的饑民前來屯田耕種，將田地都分了下去，並宣佈免除八年的稅賦和徭役，以吸引他們屯駐此地，然後以村落為單位，仿造遼東的管理方法，建立了保甲制度。
當然，周軍也遇上了不少陽奉陰違，甚至暗中搞破壞的移民，甚至還有假投降，然後煽風點火的瓦崗山山民。對於這些破壞移民分田，阻礙重新建立村落保甲制度的奸細，斛斯政則下令各地駐軍及官吏採取鐵血手段，堅決鎮壓，毫不手軟，採取以殺止亂的辦法。以一時的血腥手段，換取將來的長治久安。
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