戰艦，只能依靠搭載的戰鬥機甲作戰，而作為戰鬥機甲補給站的大型戰艦，本身就是戰鬥機甲它們的負擔，由於害怕失去補給，因此保護大型戰艦與基地就成了戰鬥機甲的首要任務。
就因這種惡性迴圈的影響，本不該被牽引的戰鬥卻發生在艦隊基地中。
面對艦隊基地的強大防禦力與整體攻擊力，帝國艦隊各指揮官充分的利用自己戰鬥機甲的優勢，他們不派任何大型戰艦參與進攻艦隊基地的戰鬥，而是不間斷的派出數量強大的戰鬥機甲。
機動能力強，攻擊威力大的戰鬥機甲，由於它們的體積過小，且聯盟水星艦隊基地害怕在混戰中擊中己方大型戰艦，因此，基地方面只能利用中小口徑的武器攔截滿太空亂竄的敵軍機甲。
可來自於戰鬥機甲的雷射炮、磁能炮與小型導彈，卻是基地防禦的巨大威脅。面對滿天飛的能量攻擊與導彈攻擊，艦隊基地的導彈、快炮攔截根本起不到任何作用。
由於對戰模式的不同，水星的三大艦隊基地中，屬於中型宇宙基地的‘土司基地’最先陷落。從突襲戰開始到強大的攻殲戰為止，堅守最後太空防線的土司基地最終於9月12日凌晨4：34被徹底攻陷了。
三天後，也就是73個小時後，水星第二大艦隊基地‘蒙麥基地’也陷落了。而堅守最後陣地的最大艦隊基地‘水都基地’，激烈的爭奪戰還在繼續，由於水都基地有來自‘水星特殊人才學院’的強大支援，因此負責主力進攻的戰鬥機甲群並沒有起到多少的作用。
往往負責進攻的帝國機甲群總要付出兩架以上的代價，才能擊毀一架來自特殊人才學院的戰鬥機甲，因此負責主力進攻的2455架戰鬥機甲在該戰役開始後的第四天起，帝國聯盟軍的機甲損失率直線上升，而水星的機甲損失率卻爆發出襲擊戰以來從沒有過的最小損失。
9月16日凌晨起，當收到其他兩大艦隊基地陷落的訊息後，披上軍服再次握上軍隊實權的李軍上將，為了應付即將而到的帝國艦隊強大總攻，他不得不下令摧毀停泊在基地港口中的幾百艘大型戰艦與上千艘中小型戰艦及幾千艘各類運輸艦。
隨著李軍上將的登場，水都基地的反擊戰越演越激烈，在17日的帝國機甲突擊戰中，水都基地的八門要塞炮也被迫啟動。雖然有要塞炮的加入，但水星艦隊最終還是無法阻擋帝國艦隊的優勢進攻。
宇宙歷102年9月20日16時17分，水星最後的太空基地被攻陷了。是役，聯盟軍上將李軍將軍死於水都基地地下指揮部，莫尼中將死於撤退途中，而卡隆中將卻與特殊人才學院的341名一級機甲學員，與三艘中型戰艦、六艘小型運輸艦不知所蹤。
次日，帝國宣佈水星列入帝國版圖，而金星卻於水星戰役爆發的第二天已經宣佈加入帝國聯盟，成為其統治星球。
在這場歷時18天之久的戰爭中，無數聯盟民眾不驚要問，為什麼在水星被攻陷的十多天中，被稱為聯盟最強大的第一艦隊為何不趕去支援呢？
而這一問題，在水星戰爭結束的第二天，轉播在地球與月球上的無數立體投影中的激烈戰鬥才讓民眾明白。不是第一艦隊沒有趕去支援，而是他們在付出了3255架戰鬥機甲與1422艘各型別戰艦的代價下，也未能突破太陽系三大隕石帶之一的金水隕石帶。
早有防備的奧丁，親自率領2300艘主力攻擊戰艦與2500架F…18遠戰機甲分散在7000公里的主要地段上。
當第一艦隊的先頭部隊1500架F…18空戰機甲與700架F…16多用途機甲快行駛出金水隕石帶時，來自已經集合的主力戰艦上的主炮齊射讓上千架戰鬥機甲瞬間消失在隕石大爆炸中。隨後而來的主炮攻擊，讓更多的戰鬥機甲葬身在這危險的隕石地帶。