就在撤軍的路上，遼王開始考慮明軍從天山撤退的初步善後問題，派人火速通知西域諸將到迪化城商議善後方案，讓經營南疆的郭英和朱大能撤軍。
遼王還是擔心朱大能孤軍深入，一時吃不下南疆那麼大的地盤，反而陷入南疆泥潭。
儘管遼王每次征戰，儘量把出彩的機會留給朱大能，但是朱大能總是有些讓他的小心臟受不了。
在經過故唐西海舊城和吉祥城的時候，宋瑛的步兵團配屬一個迫擊炮連留了下來，就地駐守，卡住帖木兒軍從伊犁進犯北疆的咽喉通道，掩護大軍撤退。
二月二十六日，遼王帶著警衛連先行回到迪化城。
此時魏國公徐允恭、開國公常升等人已經奉旨回京，都督宋晟奉旨以甘肅總兵官的身份節制天山南北諸路兵馬。
北路軍的薛臺等人，南路軍的朱大能、火真和兩位羽林衛指揮使，都還在後面。只有郭英、宋晟、宋忠、李堅、袁宇、薛?等將領匆匆趕到了迪化。
事起突然，遼王也無暇和諸將商議，果斷宣佈了撤軍方案。
郭英和李堅帶來的京軍，袁宇帶來的晉王護衛，薛?帶來的燕王護衛，先行撤離天山，各回原防本衛。
遼東軍原來人員，除留下郭驥的步兵第一團和宋瑛步兵第三團，駐守天山南北外，其餘人馬撤回遼東。
宋忠帶來的肅州中護衛還剩下四千來人，暫時留在庭州配合後期屯田，等內地移民到達後再撤離天山。
編入火真騎兵第一團的西安中護衛騎兵，撤到哈密後連同西安左護衛一起，撤回西安，向秦王覆命。
遼東軍在河西和天山擴編的人員還剩下三千來人，都交給宋晟，加上宋晟新帶來的三千河西步兵，總共六千來人，組成留守兵團，分駐迪化、吐魯番和哈密三地屯守。
宋晟小心翼翼地問道：“殿下，如此一來，留守西域人馬估計只有一萬三千人左右，也就是兩衛兵馬，恐怕勢單力薄，獨木難支啊。”
遼王說道：
“都督放心，撇開朱大能南征斬獲不說，帖木兒汗國前後損兵折將十餘萬，應該沒有膽量再和大明叫板。”
“萬一遇到帖木兒大舉進犯，你就透過僕固義、安克帖木兒等當地部落首領，按照與明軍一比一或一比二的比例人數，就地招募義勇，進行協防。回朝之後，我會向朝廷申請為僕固義、安克帖木兒二人封王。二人必將效忠大明。”
“我再讓薛臺騎兵第四團和背嵬軍的部分火槍留給你們。戚祥和整個炮兵團暫時留在迪化，指導河西軍訓練炮兵，待河西軍熟練掌握大炮操作要領後，再讓炮兵人員回遼東歸建。”
聽說遼王要把整個炮兵團的裝備都留給他，剛剛恢復甘肅總兵官之職的宋晟激動熱淚盈眶。
安排好人員，遼王又提出一個分配處理繳獲物資的初步方案。
遼王首先讓郭英給應天的老朱送去六千匹戰馬和五十萬兩白銀。
郭英帶領的六千羽林衛騎兵損失過半，李堅帶的府軍衛步兵在堅守巴里城時也損失一千多人馬。
關鍵是，京軍的出動代表著朝廷的支援，政治意義重大，至少代表了老朱對自己私自出兵西域行為的追認，免去後續政治上的無盡麻煩。
遼王又提議，秦府西安中護衛騎兵幾乎損失殆盡，補償十萬兩白銀、六千匹戰馬、三千把波斯彎刀和三千張弓；燕、晉二王騎兵損失一半人馬，補償相應減半。
當時，大明對將士傷亡標準撫卹極低，士兵陣亡後撫卹金只有二到五兩，千戶不過八兩，受傷致殘的則一兩沒有。
所以遼王特意交代宋晟：“無論是內地漢卒，還是從關西六衛和西域各部所募番兵，凡為大明徵戰中陣亡或致殘，除按大明將士傷亡標準撫卹外