還是潰散中的陳明遇屬下鄉兵，無不長出口氣，或噗通坐在地上，或倚在城牆上，臉上都露出了劫後餘生的表情。
按說此時正是追擊的最佳時刻，可是沙千里部殘餘計程車兵不足五百人，幾乎人人帶傷，根本沒有力氣追擊，而陳明遇屬下的鄉兵？還是算了，把潰散的他們從新聚集就需要好大的功夫，還是把希望寄託在即將抵達的劉肇基部主力身上吧。
劉肇基部來的很快，由於擔心沙千里部的安危，劉肇基不停的督促著士兵們加快行軍速度。當來到江陰城下，看到坐在護城河邊休息的沙千里部時，劉肇基不由得長出口氣。
其實劉肇基和沙千里的關係很不融洽，主要是沙千里年輕氣盛，根本瞧不起半路加入卻位居其上的劉肇基，經常在軍議時頂撞劉肇基，沒奈何，劉肇基便把沙千里發配到江陰城中。可是再怎麼不喜歡沙千里，劉肇基也不敢任由沙千里被綠營兵消滅，畢竟沙千里是都督任思齊身邊的老人，深受任思齊的喜愛。看到沙千里無恙，劉肇基的心才算放了下來。
看到崇明軍主力前來，陳明遇命令周瑞瓏、邵康公等將領重整鄉兵隊伍，自己急忙出城迎接劉肇基。二人相見，寒暄過後，陳明遇極力邀請劉肇基帶兵進入江陰，甘願把指揮權讓給劉肇基，從此劉肇基就是江陰的最高統帥。
劉肇基微微一笑，拒絕了陳明遇的提議，言說要追擊逃走劉良佐部，並攻略常州。劉肇基並未入城，率領屬下主力向南追擊而去，把殘破的沙千里營留下休整。
經過剛剛的大敗，陳明遇知道自己根本沒有領兵之才，便重新想起智勇雙全的前典史閻應元來。於是趁著清軍撤去，陳明遇親自前往閻應元隱居的祝塘，拜會閻應元。對陳明遇的邀請，閻應元慨然答應了下來，聚鄉中少年六百餘人，並帶著全家來到了江陰城。
到達江陰之後，陳明遇力排眾議，推舉閻應元為江陰統帥。閻應元接管權力之後，立刻開始佈置城防，首先派人詳查城中青壯人數，挑選年輕力壯者組成鄉兵，得鄉兵三萬餘人。然後分派人手，三萬鄉兵分班上城防守，每個垛口固定十個士兵，按時換班。由武舉人王公略守東門，崇明軍營正沙千里守北門，陳明遇守西門，應元自任守南門，其他將領周瑞瓏、邵康公各自負責一段城牆。委任訓導馮厚敦為總管，在許用等諸生的協助下負責全城糧餉軍械後勤事宜。
嚴格盤查城內人等，查出以顧元泌為首的細作數十人，悉數殺之。
在閻應元的指揮下，江陰城一切變得井井有條，軍民們爆發出極大的抗清熱情。
沙千里部因為損失慘重被留在江陰休整。這支崇明軍和清兵苦戰的情形看在所有江陰百姓的眼中，對於這支英勇的軍隊江陰軍民都心生敬慕，無數的城中少年湧到北門要求加入崇明軍。
手下死傷慘重自然需要重新擴充，沙千里從報名的少年中，，挑選出孔武有力者五百餘人納入軍中，一營的千人編制重新完整。對這些新加入的少年，沙千里提出了一個要求，就是必須把家人搬到崇明島。
對於這些人的疑問，沙千里是這樣解釋的，加入崇明軍後肯定會和清兵連續大戰，傷亡在所難免，若是家人搬到崇明，則不論受傷還是戰死，家人都會受到撫卹，會受到崇明官府的供養。
這個理由很牽強，很多人心中很是猶豫，畢竟崇明是座荒島，自然比不上江陰的繁華。但也有人有感於江陰的戰亂，把家人搬到崇明自然可以免去自己的後顧之憂。
沙千里只肯接納願意把家搬到崇明的這種做法，看在有心人的眼中則又生出其他想法。
“也許崇明那位越國公根本不認為江陰能夠守住！”閻應元如此對陳明遇道，“或者他根本沒打算派兵死守江陰，要不為何劉肇基將軍怎麼也不肯入江陰城，只留了幾百人協助防守。”