，命令他繼續留在埃及。拿破崙又安排了一場明知自己不能赴約的約會，他邀請克萊貝爾將軍到羅塞塔來，同他會商極為重要的事情；他留給克萊貝爾一封信，任命他接替自己，為埃及遠征軍總司令，負責指揮這支面臨土耳其軍再次進攻的軍隊。
在信中拿破崙說由於法國的形勢危急，他不得不抱著深深的遺憾離開埃及，他有責任回去挽救祖國的命運。他還留下命令，讓朱諾和德塞於秋季回國。拿破崙向克萊貝爾保證一旦回到法國，他會給埃及軍補充必要的武器彈藥和軍需以及“能彌補最近幾次戰役損失的足夠的生力軍”。但是，如果埃及的形勢繼續惡化，拿破崙指示克萊貝爾：
你有權在允許你們撤離埃及的原則基礎上與奧斯曼帝國簽訂和平條約……因為我樂於以後世的好評作為我一生中艱難困苦的報償，我是抱著深深的遺憾離開埃及的。國家的利益、國家的榮譽、天職的責任感和國內發生的非常事態使我決定衝破敵人的艦隊的重圍， 回到歐洲。我的心永遠和你們在一起……我委託給你的軍隊是由我的孩子們組成的……他們給了我他們的愛。
拿破崙相信這封信到克萊貝爾手上時，自己已經到海上了。正如佈列納說的那樣，拿破崙沒有勇氣面對面地將信交給他的繼承人克萊貝爾：“他想以此方式逃避克萊貝爾的責備和他倔強憨直的脾氣。”拿破崙給克萊貝爾留下了一個爛攤子， 讓克萊貝爾收拾由於自己的失算造成的埃及殘局。克萊貝爾與拿破崙早先發生衝突之後，一直對拿破崙心懷不滿；他在收到這封信後說了些什麼，無從考證。
就在23日起錨之前，拿破崙給迪蓋送去一封熱情的信，信中說“一項緊急任務”要求他立即回法國去，並允許他回法國去擔任立法院的職務。在其後的一封信中他告訴督政府：“我離開埃及前已經將一切都安排妥當……尼羅河比過去50年的任何時候都更加美麗。”可是，事實上，他留下的是焚燒的村莊、空虛的財政、一支受到戰爭、氣候和瘟疫重創計程車氣十分低落的軍隊，隨時可能遭到充滿復仇和敵意的穆斯林的打擊。在軍中拿破崙的名字遭到眾人的詛咒，除了德塞和已故的卡弗雷裡之外，幾乎所有的高階軍官都提出過辭職和返回法國的要求。一支3萬多人的軍隊，現在只剩下了不到12；000人。接替指揮的克萊貝爾在次年的6月，在他的花園裡被身藏利刃的阿拉伯人刺殺身亡；而德塞後來的確回到了拿破崙的身邊，在馬侖戈戰役中幫助拿破崙轉敗為勝，自己則飲彈身亡。接替克萊貝爾的梅努皈依了###教，改名為阿布杜拉，娶了一位年幼的阿拉伯少女為妻，他以叛國罪逮捕了忠實的雷尼爾將軍並於1800年投降英國。埃及的大災難就此告一段落。或者借用佈列納的說法：“損失慘重的遠征就此告終。”
第十一章 通往大馬士革之路（6）
對於拿破崙來說，遠征埃及是他生活和事業的轉折點。他對自己曾經熱情愛戀的約瑟芬的信任動搖了，特別是後來證實她沒有能力生兒育女後，他們的婚姻就此破裂了。對於法國軍隊，這場遠征也是個十字關口。大多數軍官後來都被英國人遣返回國，但他們中的絕大多數都不會忘記並寬恕拿破崙在關鍵時刻拋棄和背叛他們的行徑。後來他們中的大多數都晉升高位，有的甚至當上了法國元帥，但他們都知道拿破崙·波拿巴是個言而無信的人——他在關鍵時刻是會為了儲存自己而捨棄別人的人。拿破崙也第一次意識到自己的能力和觀念都是有限的。當法國在歐洲處於孤立無援的境地時，遠征埃及顯得毫無戰略意義。再者，這場戰役的輕率構思和草率的執行使2/3曾經對他寄予厚望的法蘭西共和國遠征軍命歸黃泉，給他們的家庭帶來了無法彌補的傷害。
然而，具有諷刺意味的是，這場慘遭失敗的遠征可能是拿破崙一生中最偉大的事件之一。當他經過