軍、杜邦和勒費弗等不時地犯錯。例如，勒費弗元帥拒絕執行拿破崙清楚下達的攻打在潘科博的布拉克部隊的書面命令，導致布拉克的部隊得以順利向西撤離，使拿破崙不得不重新對軍隊進行部署和調遣。
拿破崙對這些事件的性質以及日益嚴重的局勢究竟瞭解到何種程度，我們不得而知；但有一點是肯定的，他已經意識到自己釀成了大錯。“皇帝陛下非常不高興。”貝爾蒂埃這樣責備格但斯克的英雄勒費弗。直到11月11日，維克多才在埃斯波納打敗布拉克軍。自埃及戰役以來深受拿破崙喜愛的帝國衛隊指揮官貝西埃爾元帥也因多次不服從命令而被撤銷了二兵團司令的職務。他的職務由蘇爾特元帥接替，這個人的性格有問題，大多數軍官都討厭他，稱他為“老尼克”（Old Nick），他給拿破崙帶來的麻煩遠遠超過了貝西埃爾。至於有“勇者中的勇者”之稱的內伊元帥，也越來越不討拿破崙喜歡了，他的兵團的力量被大大地削減了。
11月10日，蘇爾特帶領著67；000人向布林戈斯前進，擊敗了埃斯特雷馬杜拉城的守軍，使法軍得以佔領這一位於巴榮納和馬德里之間重要軍事運輸通道上的重鎮。拿破崙任命朱諾以前的參謀長蒂博將軍為該城的總督，內伊繼續率領部隊朝南向西班牙首都挺進。雖然布拉克將軍已經向北逃跑，拉納元帥的34；000人直到11月23日才在圖德拉擊敗卡斯特諾斯和帕拉福克斯的聯合部隊。重新徵服伊比利亞半島的計劃如期執行，但潛在的危機依然。例如：1808年11月，拿破崙剝奪了杜邦將軍的一切職務。將他送到了軍事法庭。朱諾因在葡萄牙打了敗仗遭到監禁。貝西埃爾也被撤職。勒費弗則因作戰無能遭到拿破崙的嚴厲申斥。拿破崙對內伊也十分生氣（後來證明是不公正的）。拿破崙的將軍和元帥在世介面前出了醜；法軍計程車氣，特別是軍官隊伍計程車氣再次一落千丈。西班牙被證實是第二個埃及戰場，而西班牙的第二次戰役才剛剛開場。
拿破崙決定對向薩拉曼卡開來的穆爾軍不予迎戰，11月28日他釋出了下一階段戰役開始的命令，直取馬德里，法軍共有13萬人，勒費弗的軍團保護法軍右翼，內伊為左翼，拿破崙親自掛帥為中路。他們面臨的是在佔據馬德里北面山地的、誓死捍衛首都的21；000抵抗軍。拿破崙的軍隊向瓜達臘馬山的隘路進發，由於力量相差懸殊，西班牙人未能阻止拿破崙的前進。求勝心切的拿破崙毫無必要地派出了一個波蘭騎兵營攀登陡峭的山崖，去打掉西班牙人佈置在炮臺的16門大炮，結果上山87人只有27人生還。可是不到一個小時之後，這個炮臺就被人用傳統的方式輕易地炸掉了。11月底，西班牙被打敗；12月2日，拿破崙的軍隊包圍了馬德里；4天后，馬德里淪陷。在拿破崙看來：西班牙已經被征服，約瑟夫重新登上了西班牙國王的寶座，穆爾爵士失敗了，葡萄牙將再次給自己送上賠款。
在馬德里逗留期間， 拿破崙的指揮部設在離開馬德里不到一英里之外的、因方特多公爵母親的一座豪華城堡裡，他的部隊就在城堡周圍的田野裡露營。在這裡，拿破崙可以暫時忘記戰爭的嚴酷場面，約瑟夫新朝廷的美麗宮女令人應接不暇；其中有“一位15歲的西班牙女演員……如此美貌，如此誘人”，拿破崙命令將她帶到自己的臥室。不過，在約瑟夫恢復西班牙王位之後，除了偶爾一起去歌劇院外，馬德里沒有給這位法國皇帝留下什麼特別深刻的印象。
拿破崙不得不重新估量他在西班牙的損失。法軍在西班牙的傷亡人數遠遠不止他所聲稱的12；000人。西班牙不是僅靠一張地圖和預定的軍事計劃就能輕易征服的國家。十分不情願的約瑟夫回到了馬�