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在諾曼底豪特維爾王朝衰亡一百年後，最後一位直接後裔和羅傑二世（Roger II）繼承人的康斯坦斯（constance）嫁給了亨利六世（henry VI）皇帝。
這最終導致西西里王冠傳給了來自施瓦本（Swabia）的霍亨斯陶芬王朝（hohenstaufen）。
霍亨斯陶芬王朝最後一位統治者，康斯坦斯的獨子腓特烈二世（Frederick II），是中世紀最偉大、最有文化的人之一。
他母親的遺願請求教皇英諾森三世（pope Innocent III）承擔對他兒子的監護。
在四歲時，腓特烈在巴勒莫（palermo）被加冕為西西里國王（King of Sicily），時間是1198年。
腓特烈沒有接受系統的教育，而是被允許在巴勒莫的街頭自由活動。
在那裡，他學會了許多聽到的語言，如阿拉伯語和希臘語，並瞭解了一些猶太社群的知識。
十二歲時，他解僱了英諾森的代理攝政，接管了政府。
十五歲時，他娶了阿拉貢的康斯坦斯（constance of Aragon），並開始尋回帝國皇冠。
隨後，由於穆斯林的叛亂，腓特烈二世摧毀了西西里殘存的穆斯林勢力，估計有六萬人，1221年至1226年間將其遷往阿普利亞（Apulia）的盧切拉（Lucera）。
霍亨斯陶芬王朝與教皇之間的衝突導致1266年教皇英諾森四世（pope Innocent IV）加冕法國王子查理（charles），即安茹（Anjou）和普羅旺斯（provence）的伯爵，成為西西里和那不勒斯（Naples）的國王。
由於法國官員的虐待和徵稅，西西里的當地人民強烈反對法國統治，導致1282年爆發了被稱為西西里晚禱（war of the Sicilian Vespers）的起義，幾乎全島的法國人口都被殺光。
在戰爭期間，西西里人尋求阿拉貢的彼得三世（peter III）支援，彼得是最後一位霍亨斯陶芬國王的女婿，但被教皇拒絕。
彼得成功控制了西西里，而法國仍然控制著那不勒斯王國。
1283年8月，教皇馬丁四世（pope martin IV）發起了針對彼得三世和阿拉貢王國的十字軍東征，但失敗了。
戰爭持續到1302年卡爾塔貝洛塔（caltabellotta）和平協議的簽訂，該協議承認彼得的兒子腓特烈三世（Frederick III）為西西里島的國王，而查理二世（charles II）則被教皇博尼法斯八世（pope boniface VIII）承認為那不勒斯的國王。
西西里被霍亨斯陶芬王朝的親屬獨立統治直到1409年，之後成為阿拉貢王國的一部分。