合法的女王。
不久之後，侯爵提出了他的主張，托萊多大主教——他的曾祖父且曾長期支援伊莎貝拉——離開了朝廷並與他合謀。
他們計劃讓喬安娜與她的叔叔，葡萄牙國王阿方索五世結婚，併入侵卡斯蒂利亞以奪取王位。
1475年5月，阿方索國王帶領他的軍隊進入西班牙並推進到普拉森西亞。
在那裡，他娶了年輕的喬安娜。
接著，一場關於卡斯蒂利亞繼承權的漫長而血腥的戰爭爆發。
這場戰爭來回持續了將近一年，直到1476年3月1日的託羅戰役（battle of toro），在這場戰役中，雙方都宣稱自己獲勝並進行慶祝。
阿方索五世的軍隊被由阿爾瓦公爵和門多薩紅衣主教指揮的卡斯蒂利亞中左翼擊敗，而葡萄牙的約翰（John of portugal）所率領的部隊則擊敗了卡斯蒂利亞右翼並控制了戰場。
儘管戰果不明，但託羅戰役在政治上為天主教雙王帶來了巨大的勝利，確保了他們的王位，因為喬安娜·貝爾特拉內哈的支持者解散了，而沒有盟友的葡萄牙軍隊也撤離了卡斯蒂利亞。
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正如歷史學家胡斯托·L·岡薩雷斯（Justo L. González）所總結的：
“雙方在託羅營地對峙，結果是一場未決的戰鬥。但當葡萄牙國王重新集結部隊時，費迪南德卻將訊息傳送到卡斯蒂利亞的各個城市以及幾個外國王國，宣稱取得了一場巨大的勝利，葡萄牙人被徹底擊潰。面對這些訊息，‘貝爾特拉內哈黨’（喬安娜的支持者）解散了，葡萄牙人被迫回到了他們的王國。”
伊莎貝拉展現了極大的政治遠見，利用這個時機在馬德里—塞哥維亞（madrigal-Segovia）召集了宮廷會議（1476年4月至10月），在會議上，她的大女兒伊莎貝拉（Isabella）首次被宣誓為卡斯蒂利亞王位的繼承人。
這相當於確認了伊莎貝拉自己的王位合法性。
同年8月，伊莎貝拉展示了她作為一名強有力統治者的能力。
塞哥維亞發生了叛亂，而她的丈夫費迪南德當時正在外作戰。
伊莎貝拉不顧男性顧問們的建議，獨自騎馬進入城中與叛軍談判。
她的談判非常成功，叛亂很快得以平息。
兩年後，伊莎貝拉透過1478年6月30日她的兒子阿斯圖里亞斯王子約翰（John, prince of Asturias）的出生，進一步鞏固了她的統治地位。
對許多人來說，男繼承人的出現進一步確認了她作為統治者的合法性。
與此同時，卡斯蒂利亞和葡萄牙的艦隊在大西洋上爭奪霸權及幾內亞（Guinea）的財富（主要是金子和奴隸），決定性的幾內亞海戰（battle of Guinea）也在此期間爆發。