而錦衣衛則作了更明確的分工，指揮使仍然由紅袖擔任，內部又細分為三個部門，一個是安全司，主要防止敵人滲透，以及調查內部可能出現的叛變及不穩定情況的。
另一個則是對外情報司，主要收集大隋各地、突厥、吐蕃、大食、日本、南洋諸國的情報。這也是錦衣衛中人最多的一個部門。
而最後一個則是狙殺司，專司暗殺，在需要的時候，會對一些威脅極大的敵人實施定點清除。
羽林軍則是直屬宇文明管理的親軍，統領是郭子逸。它的主要任務是保護宇文明及其軍隊、地方各級將領的人生安全，以及元帥府的保衛工作。用現在的話說，它們就相當於是警衛營，或者是縮小了的御林軍。
宇文明讓郭子逸擔任羽林軍統領，也是無可奈何的選擇。郭子逸這個人對他忠心耿耿，是他還在當夥長時就一起生死與共的兄弟。按理說早就應該提拔他擔任八軍主將之類的職務的。
但偏偏郭子逸腦子一根筋，打起仗來是不要命，在智謀上卻連程咬金都不如。所以他只能當一員勇將，卻難以獨當一面作主帥。
在經過一番衡量之後，宇文明便只得讓郭子逸擔任自己的親軍統領，這樣一舉雙得。既給了老兄弟一個地位較高的職務，又解決了自己和行營的安全保衛工作。
至於新歸附自己的房玄齡和房玄藻兄弟，宇文明則讓他們分別任了平壤郡和扶餘郡的郡守，以發揮他們擅長處理內政的能力。待他們在地方上幹出一些成績後，再行提拔。
當所有的官職公佈出來後，眾人皆是精神大振，特別是那些原先是低階軍官，甚至是平民的人，一下子成了朝廷官員了，都不禁喜不自勝。
當然，也有不少人對這份名單有些非議，不為別的，主要就是對於宇文明的三位夫人在遼東行營中也擔任如此重要的職務有些不滿。這些人大多是些思想保守的文人和百姓，認為女人不能做官。
不少人還專門為此到宇文明的元帥府前跪拜哭訴，列舉了許多後宮干政誤國的例子，希望宇文明不要重蹈覆轍。當宇文明聽到這些人將長孫無垢、李秀寧和紅袖與妲己、呂后等相提並論時，不禁哭笑不得。但偏偏這些人還情真意切，性情執著，他勸了半天都無法說服他們。
如果僅僅因為這些人的哭訴，就讓遼東行營的任命收回來，豈不讓自己的決定形同兒戲，可如果不答應，這些人又一直跪在府衙門前，讓人看了也著實不象話。
後來，宇文明只好採用了長孫無忌提議的辦法，稱她們三人是代理的職務，真正的實權仍在自己手中，只是自己事務繁忙，讓她們代為處理，一待找到合適人材，就會將她們免職。這樣才算把這些頑固派打發走。
這事也給宇文明敲響了警鐘，他不過是任命自己老婆當官員，就有這麼多人反對，且還不是對她們能力的質疑，僅僅是一個性別因素，就如此反對。今後自己如果想推行什麼重大改革，那反對的浪潮還不知道如何大呢。
想到這裡，宇文明覺得進行全民教育的事情刻不容緩了。只是他身邊卻著實沒有教員，雖然百姓中亦有不少文人，但這些人就是剛剛哭訴請願的主力，宇文明如何敢讓這些人來教育百姓。
最後還是紅袖給他出了個主意，先從軍隊教起，軍中計程車兵往往只認武力和戰功，不認性別，不然紅袖也不會讓那麼多士兵服她了。
而這些士兵相對來說，思想要進步一些，能接受男女平等的思想。不過他們大多都不識字，需要先教導他們認字。
於是，宇文明便決定設立遼東軍校，讓那些文人來教軍中士兵識字。不過他也規定了，只能教士兵們認字，什麼詩經、論語，四書五經一概不能教。
宇文明給出的理由是步軍士兵要經常訓練行軍布陣，水師官兵則要