有些清醒。萬曆聞知，立即讓司禮監太監持手敕前去慰問，同時授意讓張居正留下遺囑。張居正將未來內閣、六部人選都做了最後一次薦舉。至六月二十日，終於放下手中的權柄，遺下70餘歲的老母，30餘歲的伴侶和6個兒子、6個孫子，離開了人世。終年58歲。
張居正的去世令大多數人感到突然，感到遺憾，畢竟他才只有五十八歲。然而蒼天悠悠，人生苦短，由不得他再展宏圖了。所幸的是，他畢竟在有生之年，基本實現了作為一個偉大政治家的抱負。在蒼天賦予他那天時、地利、人和的交叉點上，他厘剔官弊，推行改革，終於使已經衰落的由明太祖朱元璋所制定的治國成憲，在萬曆初年又煥發了生機，並做出了“海內肅清、四夷讋服。太倉粟可支數年，同寺積金四百餘萬”的輝煌業跡。
當然，就在他初步完成了這輝煌基業，並使自己躋身於中國歷史的名相之列，因而有可能名傳千古之時，也必然地受到當時舊勢力的攻擊和誹謗。甚至受到身家性命朝不保夕的威脅。對於這些，張居正生前早有感知和思想準備。多少年後，我們從他給河漕按院林之源的信中可以看到。“孤數年以來，所結怨於天下者不少矣！■夫惡黨顯排陰嗾，何嘗一日忘於孤哉！”
對於這些攻擊和誹謗，雖然他當時表示無所畏懼，“念已忘家殉國遑恤其他！雖機阱滿前，眾鏃攢體，孤不畏也！”但時間一久，對自己的前途也未免有些擔憂。因此，在萬曆八年（公元1580年）以後，便屢屢上疏堅退。但由於李太后和萬曆皇帝本人的堅留，以及由他自己所造成的長期獨自當國的政治局面，要想中途隱退是根本辦不到的。而越是不能隱退，心中就越發焦慮不安，憂鬱不止。萬曆九年（公元1581年），他在給已退休的前首輔徐階寫信時，又進一步談到了這種進退維谷，騎虎難下的局面。他說：“正膺重任九年於茲，恆恐不得保首領以辱國家。乞不肖之身，歸伏隴畝，以明進退之節。自是羈紲愈堅，憂危愈重矣！”
果然不出所料，張居正這座燈塔的熄滅，在使這個龐大的帝國迷失方向而迅速滑向深淵的同時，也使這座燈塔照耀引導下的帝國舵手萬曆皇帝頓感茫然無措，直至最後沉淪於官河宦海的泥沼而無力自拔。其最終結果是，張居正再也不能前來為他解脫，而他也自然就顧不得張居正了。張氏舉家的厄運由此得以開始。
舉家罹難
萬曆十年（公元1582年）十月，也就是張居正死後僅三個多月的時間，那些代表舊勢力的“■夫惡黨”，便開始向張居正反攻倒算了。
當張居正生前的反對派，山東道監察御史江東之、江西道御史李植，從左右太監口中得知，張居正在病故以後，萬曆特別厭惡馮保的訊息後，便決定先從馮保身上下手，然後再看萬曆的態度。為了慎重起見，首先由江東之上疏彈劾馮保的親信徐爵。結果徐爵很快就被逮入獄論死。這樣，萬曆痛惡馮保的態度得到了證實。於是，在萬曆十年（公元1582年）十二月壬辰（初八日）再由李植出面，上疏彈劾馮保十二大罪狀。萬曆覽奏之後，果然大喜說：“吾待此疏久矣！”立降馮保到南京閒住。司禮監太監張誠和張鯨見馮保勢危，也乘機在神宗面前攻擊馮保，說馮保家資富饒勝過皇上。這一誘惑，馬上激起了萬曆的好奇之心，立即下令逮捕馮保及其侄子馮邦寧等人，並籍其家。結果抄得金銀一百餘萬兩，珍珠寶玩無以數計。從此，始嚐到了抄家的甜頭。到了萬曆十一年（1583年）一月，這個歷侍三朝，大體上還能保持名節的馮保和他的侄子馮邦寧便瘐死於獄中。
這些“■夫惡黨”沒費多大氣力就將馮保參倒，並將張居正臨終之前所推薦的潘晟、梁夢龍、王篆等人逐個逼退。這樣，萬曆對張居正的態度便不偵自知了。於是，他們也照用攻擊馮保的辦法來對付張居正