張四維繼任首輔不到一年，父親不幸病逝。張四維無法像張居正一樣，再來一次“奪情”，只能離職守制，在此期間，申時行代理首輔。但是張四維在居喪將要期滿之時又突然患病不起。恰在這時，比申時行資深望重的大學士馬自強和呂調陽也先後病故。命運之神自然地把這位資歷最淺的大學士推到了政治舞臺的前邊。
申時行和張四維不同，他以才幹取得張居正的信任，而不是以諂媚奉迎見用。張居正死後，他承認張居正的過錯，但並不藉此誇大他的過失，作為自己上臺的資本。他和張四維的差異為同僚所深知，也為皇帝所瞭解。
七月二十二日，萬曆皇帝諭令內閣首輔申時行、定國公徐文璧、司禮監太監張宏前去陵區核視。兩天後，申時行等人回京。
八月二十四日，定國公徐文璧、大學士申時行呈奏：臣等謹於八月二十一日恭詣天壽山，將擇過吉地逐一細加詳視，尤恐靈區奧壤伏於幽側，又將前所獻地圖自東往西遍行復閱，隨據監副張邦垣等呈稱，原擇吉地三處，除石門溝山坐離朝坎，方向不宜、堂局稍隘、似難取用外，看得形龍山吉地一處，主山高聳，疊嶂層巒，金星肥員，木星落脈，取坐乙山辛向，兼卯酉二分，形如出水蓮花，案似龍樓鳳閣，內外明堂開亮，左右輔弼森嚴，且龍虎重重包裹，水口曲曲關闌，諸山皆拱，眾水來朝，誠為至尊至貴之地。又見大峪山吉地一處，主勢尊嚴，重重起伏，水星行龍，金星結穴，左右四鋪，拱顧周旋，雲秀朝宗，明堂端正，砂水有情，取坐辛山乙向，兼戊辰一分。以上二處盡善盡美，毫無可議。
樑子琦得知此情後，惱羞成怒，認為這是首輔申時行與禮部尚書徐學謨故意與自己作對，盛怒之下，上疏皇帝攻擊徐學謨，奏稱申時行與徐學謨本是兒女親家，“附勢植黨”，故意不給皇上選擇最上“吉壤”。
萬曆見到樑子琦的奏疏後，大怒，立即將徐學謨罷職。申時行見此情景，感到形勢嚴峻，大禍欲臨，只得上疏奏辯，並聯合禮、工二部及欽天監重臣，一起揭露樑子琦在踏勘過程中好剛使氣，固執偏狹，自以為是，不顧吉凶等罪行。由於申時行的特殊地位和在朝廷的威望，他們的陳奏自然使萬曆皇帝堅信不疑。於是，當即諭旨：“子琦挾私瀆奏，奪俸三個月。”
樑子琦的陳奏，使徐學謨被罷職的同時，自己也遭到了懲罰。然而，這個懲罰對於他來說只是一個訊號，不久之後，還將有更大的災難落到他的頭上。既然他已觸犯了這個強大的官僚集團，就必須付出終生代價。
九月六日，萬曆皇帝再次以行秋祭禮為名，率後、妃進行第三次謁陵。九月九日，萬曆親登形龍山、大峪山主峰閱視，經過反覆比較之後，諭旨內閣：“壽宮吉壤，用大峪山。”這裡所指大峪山，原稱小峪山，真正的大峪山在昭陵主峰。因萬曆忌諱“小”字，便不顧與父皇昭陵的大峪山重名，將“小”改“大”，小峪山變成大峪山。
九月十九日，禮部上疏，認為陵址既已選定，就應該欽定日期營建。但萬曆仍然不允，非要待兩宮聖母看後才能確定。為此，御史朱應轂以謁陵耗費太巨，陳請兩宮太后不必再去閱視，但仍未得到萬曆皇帝的允可。
十一月十三日，在首輔申時行的暗中指使下，貴州道試御史周之翰再次上疏彈劾樑子琦說，已奉皇上諭旨，壽宮定在大峪山下，可見徐學謨當初對皇上並未欺罔。徐學謨既已被罷職，樑子琦豈宜獨留？
萬曆皇帝覽奏之後，立降樑子琦為右參議，令其閒住，永遠不許起用。
樑子琦接到聖旨，悲憤交集。落到今天這般地步，是他始料不及的。也只有在此時，他才真正知道面對這個強大的文官集團，他所要做的是什麼。
1584年9月13日，萬曆皇帝奉兩宮太后並率後、妃進行第四次謁陵