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當然，總督大人是不會白白嚥下這口窩囊氣的。因為得罪了胡宗憲和鄢懋卿，雖然海瑞治理淳安的政績很好，但還是被排擠調職。不久，海瑞便在胡宗憲等人的參劾下，由知縣降為湖廣興國州判官。儘管海瑞受到了降職處罰，但他不畏權勢、剛直不阿的性格卻始終不變。在任判官期間，他親自審理過許多當地知名的大案、要案和疑案。他的不懈努力，終於換來了一個“海青天”的雅號。
在興國一年半的時間內，他辦了許多好事，清丈了田畝，減少了冗官，減輕了人民的負擔。其中最快人心的事是懲處惡少張豹、張魁。張鏊作過兵部尚書，在南昌養老享福。而他的兩個侄子張豹、張魁，卻依仗叔父的權勢，作威作福，無惡不作。一次到興國買木材，以勢欺人，魚肉百姓。百姓到縣衙訴苦告狀，海瑞派人傳訊張豹、張魁。這兩個惡少不但不聽，還突然跑到縣衙大吵大鬧。海瑞大怒，拿下二人送到府裡，知府不但判他們無罪，居然把這兩個惡少放回了家。海瑞氣極，寫信向上司力爭。張鏊雖然設法四處求情，又出面寫信求海瑞高抬貴手，但海瑞不理，終於把這兩個橫行欺市的傢伙判了罪，大快了人心。
1562年，歷任首輔二十年的大學士嚴嵩被嘉靖皇帝罷官免職。而嚴嵩所扶植的私黨也相繼倒臺。其中包括胡宗憲和鄢懋卿。由於海瑞在他們當權的時候，敢於和他們抗衡，為此他的聲望再度大增。這就使他在權勢更替的時期分外引人矚目，併成為眾人心目中的偶像。三年之後，由新任吏部人選司郎中陸光祖推薦，海瑞做了戶部主事，由江西調到北京。但不久發生的一件震驚朝野的奇事，卻使他差點丟了性命。
在嚴嵩罷職三年後的1565年8月，嘉靖皇帝突然在几案上和被子裡發現了一粒金丹和一隻桃子，急忙詢問是誰所為，然而左右侍衛沒人承認。長期祈禱神靈、尋覓道家秘方以求長生不死的嘉靖，見無人承認，便鬼迷心竅，認為是上天的恩賜，當場服下，並洋洋自得地到太極殿去拜謝天地，隨後又到太廟告知祖先。這件事，朝廷上下議論紛紛。有人祝賀，也有人不滿，暗中譏笑。這種天賜仙桃的把戲，不過是皇帝身邊的內侍所為，無非是想博得皇帝的歡喜。因為嘉靖時常為尋不到仙藥和秘方而無故地痛打內侍，使得他們為此膽戰心寒，不得不想點辦法對付。果然，嘉靖上當了。
對於皇帝的這種愚昧行為，海瑞當然明察。於是，他經過一番考慮，決定置死上疏，來揭穿這場鬧劇。他在奏疏中說，日前嚴嵩罷相，嚴世蕃受到極刑，算是大快人心。但嚴嵩罷相之後，同嚴嵩為相之前的情況相差無幾，當今政治並不清明，比之漢文帝差之甚遠。他說，天下不滿陛下已久矣。古代君王有過，靠臣子匡正，今陛下修齋建醮，群臣相來進香。陛下得仙桃、天藥，群臣紛紛稱賀。陛下之事錯，群臣順從陛下亦為錯矣。而滿朝群臣沒有一人肯來向陛下說出“真情”，實為謅諛之人，併為欺君之罪！而陛下最大的過錯莫過於齋醮煉藥以求長生。陛下受長生之術於陶仲文，並稱為師。然陶仲文已死矣，他自不能長生，陛下又怎獨求長生？仙桃天藥，尤其怪妄。桃必採而後得，藥必制而後成。今無故得之，是自跑來還是天有手送至？實為陛下左右奸人欺騙所為，而陛下以為真，實為大錯矣……今愚民們傳言，嘉者，家也；靖者，盡也！嘉靖的寓意則是“民窮財盡，家家皆淨！”疏文的結尾說：“今群臣為保祿位而諂諛，百姓則懼怕責罰而閉言，臣實乃不勝憤恨，冒死上疏，以表區區微忱，敬希陛下垂聽。
海瑞的疏文洋洋灑灑數百言，深刻尖銳，咄咄逼人，實乃古今罕見。連三百年後中國的一位新生巨人毛澤東都大加稱讚。但當時的嘉靖讀罷，卻暴跳如雷，將疏文扔在地上，顫抖著身子喊道：“快把海瑞抓起來，別讓他跑了。”