指揮使及軍指揮使的命令及指示。
在加強軍一級部隊作戰指揮能力的同時，也實際避免了指揮使一級的重要將領私設幕僚竊取軍隊的可能；為行營及軍一級的大將輪調製做好鋪墊，不會使軍隊因為主將的輪調而大幅削弱指揮作戰的能力。
軍事參謀部下轄禁營軍（都指揮使趙虎）、靖江水師（都指揮使葛存雄）、南陽行營（長山軍都指揮使敖滄海）、荊州行營（崇城軍都指揮使週週）、東南水師（都指揮使趙青山兼制閩東行營軍）、壽州行營（鳳離軍都指揮使寧則臣）及徐州行營（淮陽軍都指揮使劉妙貞）、濟州行營（原海東行營軍都指揮使馬一軾）、靖海水師（都指揮使葛存信）及騎營第一鎮師都指揮使周普、第二鎮師都指揮使李良、第三鎮師都指揮使孫壯、登海鎮師制軍陳漬……
又正式改編戰訓學堂，在江寧成立陸軍（即馬步軍）高階指揮學堂的同時，並在崇州、江夏、徐州、明州及晉安、江寧另設六所陸軍初級指揮學堂；另設水師指揮學堂——以曹子昂代替林縛出任陸軍高階指揮學堂及水師指揮學堂的山長。
林縛在架空政事堂的同時，並沒有徹底架空中樞六部的意思。
林縛使林續文以副相繼續執掌戶部控制各府縣納入中樞的田賦丁稅的同時；餘心源辭去相位，使胡文穆進入政事堂兼領刑部；又使左承幕兼領都察院。
用左承幕兼領都察院，並在地方保留按察使、檢校御史以監察地方吏治，多以舊臣充之。既是為了緩解與中間勢力官員的關係，也是使都察院獨於崇公國府及樞密院體系之外，有意利用舊臣節制新臣，避免淮東一系的官員在執握地方大權之後過於得意忘形了。
地方上，設兩湖總督府，以傅青河為總督，下轄湘湖、荊湖兩宣撫使司，以張翰、葉君安分領。
設江西宣撫使司，調胡致庸出任江西宣撫使。
設兩浙宣撫使司，使梁文展出領兼知明州府。
設東閩總督府兼制夷州，使黃錦年出江寧領之兼知晉安府。
**************
春入三月，江寧城也是大地回暖、萬物復甦。
時唯三月八日，天氣晴好，人穿春衫，午後時分，城南升泰門還有著進出城踏春的人流。
一名青衫及履的中年男子在四名衣甲扈兵隨侍下，隨著踏春的人流，策馬往城外緩緩行去，似乎頗為享受此時的春光——中年男子雖然便服打扮，但他有甲卒護隨，而他身上也不經意透露出在沙場上磨礪出來那有如金戈鐵馬當前的氣勢來，叫周遭人流情不自禁的要離他遠些，免得衝撞貴人。
這時候，有兩輛樸實無華的四輪馬車逆著人流進升泰門來，經過中年男子身邊時，車簾掀開來，探出一張久經風霜的臉，欣喜的喚道：“楊將軍……”
楊一航擰頭望去，卻是孫尚望從馬車裡探出頭來，勒住馬，驚喜的說道：“原來是尚望兄，還以為你過幾天才能到江寧，你可是在路上一點都沒有耽擱啊！”
“主公見召，我怎敢在路上耽擱？”孫尚望下了馬車，與下馬來的楊一航擁臂而慶，“楊將軍這是要往哪裡去？”
“主公行新制，每旬第八日給文武將官沐身假一天，”楊一航笑道，“要不是撞到尚望兄，我便要趁今日晴好出城去走一遭踏春去。”
楊一航調入軍事參謀部，參知軍事，專門負責水師事務。
當初在津海時，孫尚望與楊一航相處近四載，交情匪淺。
從津海南撤之後，孫尚望就直接去了夷州，差不多在夷州呆了有五年時間；而楊一航先是統領廟山行營軍在渤海口堅持作戰，青州戰事之後，山東失陷，楊一航則被迫再率部南撤，歷任禁營水軍指揮使、參知軍事——想一想，兩