隨著實驗的成功進行，如何提高成功的機率成為了當前的難題，同時他們也開始在全國各地悄悄拐賣人口，並且利用奴隸和囚犯來進行人體實驗。
畢竟，不管在動物的身上取得多大的成功，也不保證在一個人類身上能完全復刻出來。或許是大自然的報復吧，雖然他們在做這些的時候已經是極其隱蔽，但終究紙還是包不住火，人們在森林的深處發現了變異的，已經完全魔物化的動物，這一發現給當時的人們敲響了警鐘。又或許是良心發現吧，有曾經參與丟棄實驗動物計程車兵表示這些都是實驗失敗後的產物，他們曾經在森林裡長時間大量丟棄實驗失敗後的產物。
或許這就是報應吧，然而，那些追求長生的高層和瘋狂科學家們，在事情暴露以後不但沒有收斂，反而還變本加厲。或許是那些被丟棄的動物屍體由於曾經受到過許多非人實驗，因此他們的怨恨也留在這片土壤裡，那些在這片環境出生成長，並逐漸轉變成魔物的曾經的動物們天生就對人類帶有極大的仇恨。
因此，當再次有人前往這片森林的時候，它們開始展開了對人類的報復，而那些反對這項『機械飛昇』實驗的，也開始尋找有志之士對這些帝國高層進行聲討。然而，聲討並未起到什麼實質性上的作用，這些高層為了他們的長生依舊在不停地研究，甚至已經不滿足於只是利用囚犯和奴隸來進行研究了，開始把魔手伸向了貧民窟。
在這種大環境下，社會的矛盾越來越嚴重，逐漸到了不可調和的地步，終於，雙方的第一次全面戰爭爆發了，這次戰爭席捲了整個機械文明30的地區，雙方參戰軍力達到了百萬以上，也是在這場戰爭中，帝國的高層投入了大量他們進行半機械改造的動物參與了戰爭。
戰爭僅僅只持續了半個月時間便以反抗者的失敗而告終了，一時間，全國人民人心惶惶，機械帝國也迎來了最黑暗的時期。
然而，哪裡有壓迫，哪裡就有反抗。第二次全面戰爭在5年後爆發，雖然這次反抗軍依舊是慘敗結束，但是卻堅持了3個月之久，戰爭席捲的區域也佔據了全國一半的領土。
兩次大戰，帝國雖然都取得了最終的勝利，但是卻給帝國帶來了不可逆轉的創傷。
直到10年之後，第3次全國戰爭的爆發，這一次戰爭席捲了全國超過80地區，戰爭足足持續了3年才結束，雖然反抗軍最終依舊是失敗了，但是機械帝國那霸主一般的地位也受到了不少的挑戰。
之後，似乎是看到了機械帝國國力開始變弱，周邊的國家開始對機械帝國進行入侵，人民生活在水深火熱之中。
在這期間，大大小小的戰役爆發了上百場。然而即便如此，『機械飛昇』計劃的研究卻沒有一天停止。大量的戰爭爆發為人口的大量失蹤提供了很好的藉口。
而大量的戰爭也讓士兵的人數急劇減少，一時間，機械帝國的人口數量甚至還不如巔峰時期的一半。
如此環境之下，為了抵抗周邊國家的入侵，當時已經開始走下坡路的機械帝國開始大量製造半機械化改造的動物戰爭兵器。
這極大地補充了機械帝國兵力急劇減少的問題，由於大量的戰爭，竟意外讓研究的進度向前推進了一大步，心臟『魔石』化的計劃也從原本只有00001提升到了001。
雖然成功率依舊不足1，但是他們已經開始利用戰俘來進行人體實驗的研究了。
『魔石化』計劃作為『機械飛昇』計劃的最重要一環被加大了投入力度，而知曉了機械帝國正在進行這項慘無人道的惡魔一般的研究計劃的國家更是舉傾國之力與機械帝國爆發了一場席捲全球的戰爭。
機械帝國可以說是以一己之力與整個世界作為對手。
可以說，機械帝國在沒落之前是長期處於內憂外患之