隨著針對新領域合作初期問題所採取的各項解決措施逐步落實併發揮作用，聯合探索艦隊與其他宇宙文明在星際能源探索、星際生態保護以及星際文化交流等領域的合作不斷深化，迎來了令人矚目的中期成果，然而，在取得進展的同時，新的挑戰也隨之浮現，考驗著各方進一步合作的智慧與能力。
在星際能源探索領域，經過對能源探測技術相容性問題的解決以及安全保障機制、星際物流網路的最佳化，能源開發專案進展順利，取得了更為顯著的中期成果。
在多個星系中，成功開發利用了數種新型能源，極大地豐富了宇宙文明的能源儲備結構。以之前發現的高能磁能資源為例，透過統一的探測技術標準和資料校準機制，後續又在其他類似區域精準探測到了更多此類能源聚集點，使得可開發的資源量大幅增加。而且，最佳化後的能源開發系統在能量操控技術與安全防護機制的雙重保障下，實現了穩定且高效的能源轉換與採集。其轉換效率較初期提升了近百分之三十，能源供應的穩定性也達到了前所未有的高度，不僅滿足了周邊星際設施的日常執行需求，還為一些大型星際探索專案提供了充足的動力支援，有力推動了宇宙文明對更遙遠星系的探索程序。
同時，星際物流網路的高效運作確保了物資和人員的及時調配，使得能源開發專案的規模得以進一步擴大。原本一些因距離遙遠、運輸困難而擱置的開發計劃，如今都能順利開展，新的能源開發站點如雨後春筍般在宇宙各處建立起來。
然而，新的挑戰也隨之而來。隨著能源開發規模的擴大，對宇宙環境的影響逐漸顯現出來。部分能源開發區域周邊的星際磁場、引力場等發生了微妙變化，這不僅影響了周邊天體的執行軌跡，還對一些依靠穩定磁場環境生存的星際生物造成了潛在威脅。此外，能源開發過程中產生的廢棄物和能量殘留，若處理不當，可能會引發區域性的星際空間汙染，對後續的星際航行和其他宇宙活動產生不利影響。如何在保障能源開發的同時，最大程度地降低對宇宙環境的負面影響，成為了亟待解決的新問題。
在星際生態保護領域，透過對生態修復技術的改進以及平衡生態修復與文明發展關係的有效舉措，多個星球的生態修復專案取得了階段性的重大成果。
許多曾經生態遭到嚴重破壞的星球，如今生態系統已基本恢復穩定，生物多樣性得到了顯著提升。那些經過基因改造的特殊生物在新環境中茁壯成長，與自然繁衍的本土生物共同構建起了複雜而完善的生態鏈。例如，在之前那顆小行星撞擊後的星球上，森林覆蓋率從幾乎為零恢復到了近百分之三十，各類動植物種類也大幅增加，形成了生機勃勃的景象。同時，兼顧生態與發展的政策法規有效引導了宇宙文明在修復區域的合理活動，既保障了生態環境的持續向好，又滿足了部分資源開發和建設的需求，實現了生態與經濟的良性互動。
但在這一過程中，又面臨著新的挑戰。宇宙中存在著一些具有強大傳播能力和適應性的外星生物，它們隨著星際貿易、探索等活動，意外地入侵到了正在修復的生態系統中，由於缺乏天敵以及對本地環境的高度適應性，這些外星生物開始大量繁殖，對本地生態鏈造成了嚴重破壞，打亂了原有的生態平衡。而且，隨著生態系統的逐漸恢復，如何長期維持其穩定性，防止因自然因素（如小行星再次撞擊、恆星活動異常等）或人為因素（如過度開發、不當干預等）導致生態系統再度崩潰，成為了需要深入思考和解決的關鍵問題。
在星際文化交流領域，藉助完善的星際語言互譯系統、文化解讀指南以及沉浸式文化體驗平臺等措施，文化交流活動愈發豐富多彩，影響力也不斷擴大，取得了令人欣喜的中期成果。
不同文明之間的文化理解更加深入，誤解和歪曲現