在探險隊伍與多元宇宙中的潛在文明達成技術共享意向，並完成一系列前期準備工作後，雙方共同選定的幾個合作專案正式啟動，開啟了跨宇宙合作的新篇章。然而，正如預期的那樣，專案啟動初期，雙方團隊在合作過程中便遭遇了諸多因文化差異、工作習慣以及技術融合等方面帶來的磨合問題，需要雙方齊心協力，共同去克服這些困難，推動專案順利向前發展。
以共同研究能夠相容兩種宇宙物理規則的能源轉換裝置為例，在專案團隊組建階段，雙方就面臨著人員分工和協作方式的協調難題。探險隊伍所在的各合作文明通常習慣於按照專業領域進行分工，例如物理學家負責研究能量轉換的基礎理論，工程師專注於裝置的設計與製造，測試人員則承擔後續的效能測試工作等，各環節之間有著明確的界限和流程規範。
而對方文明的團隊組織方式則相對靈活，成員往往身兼多職，更注重在專案推進過程中根據實際情況隨時調整分工，以應對不斷出現的新問題。這種差異使得在確定專案人員架構時，雙方需要花費大量時間進行溝通和協商，努力尋找一種既能發揮各自優勢，又能確保整個專案高效運轉的分工協作模式。
經過多輪討論和反覆調整，最終確定了一個折中的方案。在專案核心理論研究部分，由雙方的物理學家共同組成小組，充分發揮各自在不同宇宙物理規則理解上的優勢，攜手攻克能源轉換過程中涉及的基礎理論難題；在裝置設計與製造環節，探險隊伍的工程師憑藉豐富的工程實踐經驗，主導整體架構的設計，對方文明的工程師則依據自身對特殊能源特性的把握，提供關鍵部位的設計思路和技術細節；而測試人員則統一按照雙方共同制定的測試標準和流程，對各個階段的產品進行嚴格檢測，確保裝置的效能符合預期要求。
當專案進入實際研發階段，技術融合方面的問題開始凸顯出來。雙方雖然在之前已經透過聯合技術協調小組對彼此的技術有了一定了解，但真正將兩種不同宇宙體系下的技術應用到同一個裝置中時，還是遇到了許多意想不到的困難。
比如，探險隊伍帶來的能量操控技術在與對方文明的基於物質共振原理的能源獲取方法相結合時，由於兩種技術所依賴的能量場特性和物理機制存在差異，導致在能量傳遞和轉換過程中出現了能量損耗過大、穩定性不足等問題。雙方的技術專家們不得不重新對兩種技術進行深入剖析，從最基礎的物理原理入手，尋找能夠使它們協同工作的最佳契合點。
他們透過建立聯合實驗室，模擬不同的宇宙環境條件，進行了大量的實驗和資料分析。在這個過程中，有時候一個小小的引數調整，都需要雙方反覆論證、協商，因為這可能涉及到不同宇宙物理規則的平衡以及對整個裝置效能的影響。經過無數次的嘗試和失敗，終於找到了一種最佳化的能量耦合方式，使得兩種技術能夠相對穩定地結合在一起，有效降低了能量損耗，提高了裝置的整體穩定性。
除了技術融合，在日常工作溝通和專案進度把控方面，雙方也存在著一定的差異。探險隊伍習慣使用詳細的專案文件、定期的會議彙報以及嚴格的時間表來管理專案進度，確保每個環節都能按時完成任務。而對方文明則更傾向於透過實時的資訊共享、頻繁的小組討論以及靈活的任務調整來推動專案進展，他們認為這樣能夠更及時地應對專案中出現的各種變化。
這種差異在專案初期導致了一些溝通不暢和進度不一致的情況。例如，探險隊伍按照既定的時間表等待對方提交某一階段的技術報告時，對方卻認為還有一些細節需要進一步完善，仍在進行小組討論，沒有及時提交，使得後續工作無法按計劃開展。為了解決這一問題，雙方共同制定了一套混合式的專案管理機制，既保留了探險隊伍嚴謹的文件記錄和定期彙報制度，