化根基以及歷史傳承等方面的差異依然存在，如何在尊重這些差異的基礎上，進一步推動深層次的融合，是一個亟待解決的難題。而且，隨著文明融合的推進，可能會引發一些文明內部的擔憂和牴觸情緒，擔心自身文明的獨特性會被完全磨滅，失去了原本的身份認同，這也需要各文明透過有效的溝通、教育以及合理的政策引導來加以化解。
此外，從現實層面來看，多元宇宙的廣闊性和複雜性決定了各文明之間的交流合作仍存在諸多限制，無論是技術傳播的成本、資訊交流的及時性還是資源調配的難度等，都需要不斷地最佳化改進，才能為新文明形態的孕育創造更加有利的條件。
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