月，拿破崙第三次派出一個名叫博尚的使者，旨在與君士坦丁堡建立直接的外交關係。這次，拿破崙的態度比較強硬，他在信中要求君士坦丁堡與“我們的公使一道……釋放一切被關押在敘利亞的法國人”。同時，“你們要通知土耳其政府，我們願和他們成為朋友，我們埃及遠征的目的是懲罰馬穆魯克和英國人，是為了阻止奧斯曼帝國”被奧地利和俄國“瓜分”。他限令蘇丹釋放關押在君士坦丁堡的法國公民，“如果不這樣，便將視為對法國的宣戰”。但拿破崙真正需要的還是妥協。此時，土耳其政府已經對法宣戰，法國公使也已被捕。這些博尚完全不知。
不幸的是，博尚直到1799年2月13日才得以成行，而且他的帆船在富德（Phodes）被攔截，博尚被關進監獄。拿破崙的信直到4月14日才被送到君士坦丁堡。
事實上，當奧斯曼蘇丹在1798年9月得知法軍入侵埃及的訊息之後，他就將法國公使和君士坦丁堡的大部分法國僑民逮捕。拿破崙是在10月9日從一艘開往達米亞塔的希臘船上得知土耳其政府的這一舉動和他們已經對法宣戰的。連塔列朗也認為是法國入侵埃及使得與土耳其的談判陷入了僵局。
拿破崙7月在埃及成功登陸的訊息直到9月10日才傳到巴黎，人群為此歡呼，巴黎軍校鳴禮炮以示慶賀。當天晚些時候，當禮炮還在法國首都回響，信使飛馬來到海軍部長布律克斯的房間，通報布呂埃斯的艦隊在阿布基爾灣遭到納爾遜重創。
法國海軍在阿布基爾的慘敗很快就波及地中海：同一個月，駐科孚島守軍遭到英國皇家海軍的襲擊（該島1799年3月3日向英國投降），沃比翁將軍親自下令馬耳他向英國投降，且待1800年9月4日再在馬耳他向英國人報仇雪恥不遲。如此一來，法國先後失去了兩個具有重要戰略意義的島嶼。此時，拿破崙對此還一無所知，他也不知道從阿布基爾海戰死裡逃生的維爾納夫和德克里斯在企圖逃離馬耳他時也被英國人俘獲。隨著阿布基爾海戰的失敗，法國人在地中海地區無論是外交還是軍事上都滿盤皆輸。因此，拿破崙企圖與敘利亞的土耳其人或是君士坦丁堡和談的努力純屬徒勞。
曾經向拿破崙表示要全力支援埃及遠征的塔列朗給督政府的特雷亞爾（Treilhard）寫信，後者將該信於1798年11月4日轉寄給了拿破崙並批寫道：“你可以想像督政府是多麼後悔，以及他們是多麼難以理解你遠征的詳情。”他繼續寫道，“由於海戰的失敗，法國在地中海處於腹背受敵的窘境。一切國際問題皆應歸咎於這個可怕的事件。”這次“艦隊的災難”削弱了法國各種外交政策的基礎。馬耳他遭到封鎖、義大利出現麻煩、英國和奧地利聯合俄國和普魯士正在形成新的反法同盟。此外，督政府不得不緊急徵募20萬新兵，由儒貝爾將軍前去擔任義大利軍司令，儒爾當將軍整編萊茵軍。特雷亞爾強調，如果戰爭爆發，肯定是爆發在義大利無疑。儘管如此，“外部之敵終將被征服……透過政府所有成員團結一致，堅強無比的、不朽的共和國將戰勝一切敵人……因此，你必須準備完全依靠你自己的力量，至少在一段時間內是如此。”最後特雷亞爾督政指出拿破崙有3種選擇：他可以留在埃及等待時機；他可以進軍印度；或者，他可以進軍君士坦丁堡。最後，他對幾個月前曾在他面前出言不遜的拿破崙挖苦道：“無論你做何決策，我們期待靠你的天才和運氣；你最後能力挽千鈞，取得輝煌勝利。”特雷亞爾（以及明顯參與起草此信的塔列朗）終於（也許不是最後）看到了拿破崙的笑話。收信人拿破崙直到1799年3月25日在阿克再次遭到軍事挫折時才收到這封信。
從軍事觀點看，拿破崙攻佔開羅有幾個目的，這些目的他希望同時達到：他要鞏固亞歷山大沿海一線的安全；佔領和鞏固尼羅