擊。拿破崙立即命令拉納的軍團強攻勒根斯堡，拉納元帥用雲梯攻打堅固的城牆。“正當拿破崙在和拉納元帥商量如何奪取勒根斯堡的時候，一顆從遠處飛來的流彈擊中了拿破崙的右踝，”目擊者馬博特上尉記述道，“劇烈的疼痛使他倒在了拉納的身上，拉納抱住了他； 將他放在了地上。”軍醫拉雷趕來後發現傷勢並不嚴重，只是腳踝受傷，疼痛難當而已。拿破崙如同以往一樣非常走運，子彈如果再偏上幾英寸，他就可能終生殘廢。 然而，拿破崙受傷的流言迅速在軍中傳開，軍官和士兵從四面八方湧了過來。據馬博特說：“一時間，成千上萬的人不顧敵人的炮火，圍在了拿破崙的周圍。”為了穩定軍心，拿破崙忍痛騎上了戰馬，“在整個法軍陣線上跑了一圈，目的是讓他的勇士們看到他如同往常一樣在帶領他們走向勝利”，但回到駐地時，拿破崙昏了過去。
勒根斯堡和橋樑最後都奪了下來，第一場戰役就這樣結束。結果，奧軍傷亡3萬多人（包括俘虜）。但查理大公帶領他的大部分人馬撤離了戰場，向多瑙河對岸的西北方向撤退，其餘的軍隊雖然遭到馬塞納的追擊，但在希利爾將軍的率領下仍然堅守南岸，目的是牽制法軍。初戰告捷打消了巴伐利亞、符騰堡和薩克森等萊茵同盟國放棄拿破崙的打算。拉納、達武、摩頓和伊萊爾在戰役中都表現得很出色，拿破崙甚至答應在戰役結束後將伊萊爾提升為元帥（可惜他沒有活到這一天）。
多瑙河南岸的希利爾繼續頑強和法軍主力周旋，他的4萬人馬固守城池，掩護己方的部隊越過多瑙河撤退，逃脫馬塞納軍團的猛烈追擊；然後，完成了阻擊任務的希利爾棄城而逃，到北面和自己的主力會合。
拿破崙下令達武追擊希利爾，命令法軍主力在他的率領下向維也納挺進。至於查理大公，他的所作所為正中拿破崙的下懷，拿破崙希望和奧軍決戰。查理大公果然殺了個回馬槍，回到多瑙河企圖阻止法軍進軍維也納。但是，奧軍的行動一向緩慢，拿破崙開進維也納後第三天，希利爾才和查理大公會師。
5月10日，拿破崙抵達維也納郊區，此時他離開巴黎還不到一個月。在這裡，拿破崙遇到的對手不是查理大公，而是哈布斯堡王朝的另一個大公，馬克西米利安大公。他緊閉城門，負隅頑抗，法軍傷亡慘重。拿破崙委派拉格拉上校前去敦促大公投降，不想遭到城中一支匈牙利騎兵的痛打。拿破崙忍無可忍，立即下令重炮轟擊維也納城，維也納頓時一片火海。13日，法軍攻佔維也納。
連耳聾的貝多芬也無法在隆隆炮聲中得到片刻工作的安寧了：“多麼可怕的破壞，我所看到的生活秩序和我周圍的一切全部打亂了，除了戰鼓、炮聲和人類悲慘的呼喊之外，沒有別的聲音……”貝多芬1802年到1805年間對拿破崙的熱情和支援煙消雲散了，他的第三交響曲原名是“獻給拿破崙”現在改為“英雄交響曲”“你們枉談什麼和平？”他問他的出版商，“我不再期待我們這個時代還有什麼穩定可言！”
貝多芬的住所就在法軍大炮的射程之內，拿破崙則住進了在維也納另一頭的肖恩布魯恩宮。當晚，一輪滿月高懸夜空，拿破崙命令他的侍從武官從皇家馬廄裡牽出馬來，和拉納元帥一起騎馬夜遊，衛隊緊隨其後。可是，根據拉納的副官馬博特上尉記述：“不料拿破崙的坐騎受驚，將拿破崙重重地摔倒在地，拿破崙躺在地上紋絲不動，如同死了一般。我們使他慢慢甦醒過來。雖然拉納元帥要他打道回宮，可是拿破崙堅持繼續夜遊。”侍從立即為拿破崙換了一匹溫和的馬：
當騎馬兜風結束之後回到宮廷的花園時，皇帝命令他的隨從和衛隊以及所有目睹他落馬的人都集中到他的身邊圍一個圈，他告訴大家對任何人不能提及他落馬的事。他的衛隊對他十分的忠誠，此後