裡姆昌德的種族隔離政策，當時教會內部殘存的一批白人官員聯合發動反叛，後被卡里姆昌德鎮壓。不少反叛者深入民間，積蓄力量後又發動了白人反叛戰爭，成為〃伏魔聖戰〃的前奏戰。
真理紀元257年，第十一代教主阿布萊達去世，為爭奪第十二代教主的至尊地位，對立兩派發動了世界大戰。是為真理教史上第一次為爭奪教主地位而引發的戰爭。歷經7年後，勝利者卡里布斯不僅獲得了第十二代教主的正統地位，而且獲得了在史書上將敵對一方稱為〃叛教徒〃的權力。
真理紀元373年，教會內部的〃嚴厲派〃發動針對〃寬容派〃的鎮壓戰爭。〃寬容派〃在教會內部存在已久，他們主張對處在地下狀態的各宗教勢力和民族勢力持寬容態度，只要這些勢力不反對真理教的基本教義。甚至一些寬容派教徒對〃科學魔鬼〃也表示應予以理解和寬容，這樣就動搖了真理教的立教之本。遭到嚴厲派的強力鎮壓。不過，寬容派雖主張寬容政策，戰場上卻毫不妥協。他們聯合〃異教徒〃與民族主義勢力頑強抵抗。戰爭至紀元384年，歷時11年方告結束。
真理紀元598年，第二十一代教主庫爾南巴耶夫死前利用個人聲望，下令廢除新教主由選舉產生的傳統體制，將教主之位傳於長子，引發權力之戰。真理紀元606年，被後世奉為正宗的第二十二代教主鮑德雅爾擊敗庫爾南巴耶夫長子的軍隊，維護了真理教會的內部選舉制度。不過，由於庫爾南巴耶夫在位時的功績，後代教徒沒有剝奪他第二十一代教主的尊號。
真理紀元714年，真理教會內部最邪門的一個派別……野獸派在全世界發動了大規模的恐怖運動。教會在第二十五代教主德瑪隆功和第二十六代教主艾布·沙雷的帶領下，歷時22年才基本平息野獸派運動。這場戰爭在歷次世界大戰中傷亡人數最少，但野獸派種種令人毛骨悚然的暗殺活動卻給後人留下深刻記憶。
真理紀元853年，第三十代教主多卡里被神秘暗殺，引發教會內部多種勢力的武裝衝突。第三十一代教主杜拉卡姆歷時七年平息各方叛亂，恢復世界秩序。後來，為消除關於杜拉卡姆本人是暗殺多卡里元兇的說法，杜拉卡姆又秘密逮捕並暗殺了成千上萬的反對派。
最近的一次世界內戰發生在真理紀元978年。當時，主管《朝陽啟信錄》編輯工作的大教士東海大師親睹教會內部腐敗停滯的現狀，深為不滿。苦思良久後喊出了〃回到法皇時代〃的口號。認為後世真理教徒對麻原章晃的精神多有減損，現世的醜陋只有用真理紀元初年〃伏魔英雄〃們的精神來沖洗。東海大師最要命的主張就是取消歷任教主的立法權，認為法皇生前立下的法度已經完美無缺，後世教主只有變通實施的義務，沒有增添刪改的權力。且普通教徒無需教士們〃布氣施法〃，都可以憑本身的修練釋放自身潛力，達到修真境界。東海學說深深觸及教會上層人士的特權，立刻被指責為異端邪說。不料東海大師掌管史料多年，遍閱古今典藉，在政治上和軍事上無師自通。竟潛出京城，來了個〃秀才造反〃。第七次內戰一共打了5年，雖然東海的叛亂最終被鎮壓下去，但真理教會付出的代價卻是巨大的。老練的第三十六代教主薩帕塔陣亡，而反叛勢力的元兇巨惡東海大師卻生不見人，死不見屍。
由於這七次大戰都是在教會內部各種勢力間展開，且關係到各種權力分配，不象對抗外部反叛那樣名正言順，所以這些戰爭沒有什麼漂亮的名稱，不少內情也被教會的史官隱去，以至許多細節上撲朔迷離。除了這十一場世界大戰外，一千年間還發生了許多區域性戰爭，多為教會平叛戰爭或民族勢力之間的爭奪戰爭。
不過，幾乎每一次大戰中，大湖大教區都沒能逃開戰火的紛撓。湖岸上不僅留下了成堆的屍骨，也留下了許多著名戰例。今天這一