於是，他不得不再次出面向百姓們解釋，稱他們種田，為軍隊提供糧食，當工匠，為軍隊製造戰船和武器，海邊曬鹽，捕魚經商，皆是為自己的新家園作貢獻，和當兵一樣偉大。才算勉強將遼東過於熱火的當兵潮平息下去。
經過一段時間的磨合和適應後，遼東的日常生活終於走上了正軌。宇文明也對自己屬下的幕僚官員們進行了重新任命，算是正式開府設衙了。
遼東行營最高軍政長官自然就是宇文明這位有著遼東侯頭銜的行營元帥了，他總攬遼東軍政事務。
行政方面，遼東州知府由杜如晦擔任，負責收稅、建設、丈量、統計、貿易等民生事務，在杜如晦下面，還設有扶餘、青木、黑石、平壤、新羅、百濟六個郡的郡守及更低一級的縣令，負責各地地方上的具體事宜。
此外，宇文明將行政和審判徹底分開。知府、郡守、縣令皆不管民間糾紛，百姓若要打官司，則需要找另外的官員。縣裡是找縣丞，郡裡是找長史。並在遼東州則設通判一職，負責指導和督促審判，以免有冤假錯案或百姓有冤無處申的情況發生。
遼東通判則由魏徵擔任。他是遼東行營建立時的第一批官員，在移民中威信也很高。遼東的民事訴訟及官司皆由他負責指導審理，同時他還負有對下屬六個郡的長史審理的官司進行二審訴訟審理。
這二審訴訟是個新鮮事務，當宇文明提出來時，魏徵和很多人皆認為這是多此一舉。如果百姓對判決不服，不如直接向宇文明反映就是了。但宇文明卻深知二審訴訟的合理性。
因為他既不是專業的判官，也沒那麼多時間接待百姓。與其讓百姓到自己這裡來告狀，不如讓他們到郡裡找長史來負責處理。
而德高望眾，處事公正的魏徵自然責無旁貸地成為了遼東衙門的通判。按照新的制度。各縣縣丞負責普通官司，六個郡的長史負責二審官司。而遼東通判則負責制定法律、指導審判工作，並承擔同時涉及到軍隊官兵和地方官員百姓之間的官司糾紛審判。
軍事方面，宇文明決定將遼東現有的正規軍分為遊奕、踏白、選鋒、勝捷、破敵、青龍、白虎、朱雀、玄武九軍。
其中，朱雀軍只有一萬人，且全是女子，由自己的夫人李秀寧統率。這支軍隊主要作用是擔任儀仗隊，平時一般不上陣迎敵。遇到戰時則轉為醫護兵，分散到各軍進行受傷戰士的救護。
而另外八軍則是正規軍了。按照宇文明的任命。八軍的主將任命如下：遊奕軍的主將為林子墨，踏白軍主將為程咬金、選鋒軍的主將為尉遲敬德、勝捷軍的主將為秦瓊、破敵軍的主將為羅士信、青龍軍的主將為李劍、白虎軍的主將為張昕宇。玄武軍的主將為田浩。
這裡面，李劍、張昕宇、田浩三人分別是林子墨、郭子逸和尉遲敬德的副將，對宇文明一直忠心耿耿，經過這麼多年的戰鬥後，他們的指揮作戰能力也得到了極大提高。所以宇文明便決定將他們提拔到主將位置，讓中下級軍官和新兵們也能看到升遷的希望。
而在軍隊裡，宇文明還專門成立了一個武器研究所，由虯髯客張仲堅任所長，負責武器裝備的研發和改進。他可十分清楚，隋軍能戰勝這些馬背上長大的草原民族，靠的就是裝備的精良，不然以步兵打騎兵，幾乎沒有半點優勢。
除此之外，宇文明還單獨設定了遼東水師，由才加入軍隊的前隋軍水師某戰艦艦長周強當水師統制。而他的弟弟則當上了遼東造船廠的廠長，負責建造戰艦。
而現在，無論是遼東水師還是遼東造船廠，都是才剛剛起步，尚未形成戰鬥力。
這個決定也得到了大家的擁護，周濤和周強兄弟這段時間和軍隊的將領混得很熟，雖然他們在遼東軍的資歷是低了點。但水師原本就沒幾個人，造船廠更是隻搭