四月十九日，衛華回到雅加達並同印尼華人抵抗組織的領導人進行了緊急會議，衛華向印尼華人抵抗組織的幾位領導人介紹了他同最高領導人見面的情況，並且通報了美國人已經答應談判的情況，隨後幾人商討了談判的對策。四月二十日，中國政府的代表和美國政府的談判代表一同到達了雅加達，印尼華人解放軍和美國政府的談判開始了。經過三天的談判，最後美國政府和印尼華人解放軍達成了秘密協議。印尼華人解放軍釋放所有扣押在他們手裡的美國特工和特種兵，美國政府則需要向華人解放軍賠償三千萬美金，同時答應不干涉印尼華人解放軍同原印尼政府軍之間的事務，並且必須承認華人自治區的合法性。四月二十四日，美國總統布什的安全顧問傑米。漢克斯在密約上籤了字，隨後被華人解放軍關押的美國特種兵和美國特工被釋放，並同傑米。漢克斯一起回到了美國。
泗水城被印尼華人解放軍佔領之後，萬隆、三寶龍等城市的印尼政府軍開始撤退，大批的印尼人也開始逃離居住的城市，因為華人解放軍佔領泗水的當天就開始審理華人的冤案，有很多的印尼人被槍斃。加上雅加達生的暴動慘劇，大多數的印尼土著認識到這是印尼華人的清算，印尼華人開始復仇了。因為華人解放軍沒有海軍，對海岸線無法有效地封鎖，所以給印尼政府軍的撤退提供了方便。萬隆、三寶龍的印尼原政府軍紛紛撤離了爪哇島，因為他們不撤退的話就得面臨被東西夾擊的局面。由於大量的印尼政府軍不戰而退，所以到五月中旬的時候，印尼華人解放軍徹底的佔領了爪哇島。一九**年五月十八日，印尼華人解放軍宣佈正式成立爪哇華人自治區。
美國總統布什的安全顧問傑米。漢克斯在回到美國後不久，於五月二日以
問的身份秘密訪問了日本，同日本政府達成了一個秘TT。美國以放棄二戰後美國等國家逼迫日本簽訂的不允許日本組建軍隊的條約為條件，來換取日本政府對印尼政府軍的支援。這正中了日本人的下懷，這幾年日本的經濟正是泡沫期的高峰，日本人揮舞著大把大把的鈔票在世界各地到處收購產業，就連美國的好萊塢、洛克菲勒廣場等美國知名的公。司和建築都被日本人收購了，日本人更加希望能有自己的軍隊。
二次大戰結束後，根據。日本政府同美國等戰勝國簽訂的條約和日本新制定的《。和平憲法》規定：日本的軍事實力只能維持在自衛所需的水平，總兵力。不得過1o萬，軍艦數量不得過3o，總排水量不得過1o萬噸，不能擁有。航母及核動力潛艇，作戰飛機數量不得過5oo架，不得擁有。遠端轟炸機，不得展彈道導彈技術。所以日本擁有的軍事力量並不大，。這與日本的強大經濟不相符，所以很多日本政客都一心想要恢復以往的強大軍事力量，但是美國等多個國家一直對日本不是很放心，所以一直壓制日本軍事力量的展，這次為了對付中國美國政府只好放寬對日本的限制。
五月十日日本政府特使在美國政府特使的陪同下秘密來到印尼，印尼原蘇哈托政府的高官和軍隊的將領們在美國人保證安全的承諾下聚集一堂，商討有關應對華人解放軍的事宜。扎瓦尼准將的死使這些原蘇哈托政府的高官和軍隊將領們感到了威脅。但是這些人也明白沒有外來勢力的支援，這些人是無法戰勝印尼華人解放軍的，尤其是爪哇島被華人解放軍佔領之後，這些人更沒有能力展自己的實力了。
於是美國人沒費什麼力氣就辦這些人聚集在了一起。經過一個多星期的爭吵和談判，這些人終於在美國特使和日本特使的努力下成立了新的印尼政府。新成立的印尼政府現實同日本政府簽訂了幾項大的投資合作專案，同時在日本政府手裡得到了大筆的援助，隨後新印尼政府又用日本政府給的錢向美國政府購買了大量的武器裝備，同時新印尼政府還聘請美國人和日本