1；500人，被擒獲者3；000人。18；000人的法國艦隊，只有1；800人死裡逃生。除布呂埃斯英勇陣亡外，法國艦隊共傷亡9名艦長，包括卡扎比昂卡和他9歲的兒子。儘管拿破崙在事後對布呂埃斯頗有微詞，但這位45歲的海軍中將在海戰一開始就將生死置之度外了。開戰不久，他的頭部和身上就多處受傷，半小時後，他的左腿被英國人的加農炮彈炸飛，他仍然不肯離開後甲板的指揮台；但沒過多久，他就斷氣了。
法國艦隊被納爾遜的艦隊打得幾乎全軍覆沒的訊息對拿破崙無異於晴天霹靂，但他控制住了自己。在他一生的軍旅生涯中，他從來不願意承擔任何錯誤的責任，不論是陸戰還是海戰，拿破崙很快會將責任推到別人頭上，這次自然也不例外。在給巴黎的報告中，他指責這是布呂埃斯的過錯。如果布呂埃斯“服從命令”，按照他的旨意在“24小時內”駛入亞歷山大港，這場慘禍就不會發生。當然，布呂埃斯中將並沒有看到這樣的命令。“如果說在這場重大的事件中他犯了錯誤的話，”拿破崙下結論道，“他的英勇陣亡已經補償了他的錯誤。”
根據拿破崙的命令，布呂埃斯曾經對亞歷山大港的水深進行過勘測；勘測結果表明水深不夠，拿破崙後來也曾經向巴黎如此報告過。但在海戰後4個月，拿破崙命令接替布呂埃斯的海軍少將岡託姆告訴巴黎，艦隊可以駛入亞歷山大港！這一次，軟弱的岡託姆沒有從命，公然對抗他的上司。“我只有在最緊急的情況下才會接受如此重大的責任，我的意見是：駛入這樣一個港口對於任何吃水超過20英尺的船隻來說都是十分危險的。” 法國艦隊中最小的艦隻的吃水也接近22英尺。
拿破崙的確提出過讓艦隊駛往科孚海峽的方案，但這也是不可行的，因為艦隊尚未完全解除安裝，並且沒有食物和淡水可供補給。再說，拿破崙所謂的駛往科孚海峽的指令不夠明確，有些模稜兩可；況且他說過，如果無法駛入亞歷山大，也可以在阿布基爾灣停泊。即使布呂埃斯希望出海，如同在發現英國艦隊的時候他曾經想到的那樣，也是無法實行的，因為當時還有3；000人在岸上。船上的淡水桶已近告罄，儲備的食物也僅夠在海上航行數天之用，沒有哪一個有責任心的艦隊司令會命令他的艦隊在這樣的情況下出海航行的。
儘管如此，在後來給督政府的報告中，拿破崙繼續指責布呂埃斯違抗了他的命令，沒有將艦隊開進亞歷山大的舊港，而他的艦隊是可以駛進這個港口的。這當然是無稽之談。他指責布呂埃斯將艦隊停泊在阿布基爾灣而不加任何防範措施，這一指責還有一些道理。阿布基爾灣沒有進行適當的防禦，海灘上也沒有， 布呂埃斯也沒有派出護衛艦在海灣地區巡邏以便及時發現前來襲擊的英國艦隊（雖然拿破崙自己也以為英國艦隊是在封鎖馬耳他）。最後，拿破崙又向督政府重複了他過去的論調：“7月5日，我離開亞歷山大時曾經命令海軍司令在24 小時內駛入那座城市的港口，或者，如果他發現無法駛入港口的話就將艦上的大炮和貨物卸下，然後駛向科孚海峽。”拿破崙還認為，他離開亞歷山大時以為他的（並不存在的）命令已經執行了。正如佈列納所說的那樣：
在拿破崙給政府的戰報中從來沒有將整個事件的真實情況全面報告過，即使是對他稍有不利的事實，他也會掩飾真相。在可能的時候對事實進行偽裝、篡改和隱瞞，他是很內行的。當別人的觀點和他不同時，他常常更改別人寫的戰報，或是加進一些毀謗別人的內容，然後將其付印。為了自己的榮譽他不惜隱瞞事實——他認為不這樣做是很愚蠢的。
因此，拿破崙當然沒有告訴督政府，布呂埃斯以及其他海軍軍官曾經無數次地向他請求給艦隊補充軍糧；他也沒有向他們報告，在海戰發生前不久，艦隊官兵是在靠很少的定量食物和