淡水維持生活，因而大家的身體都十分虛弱；他更沒有報告，布呂埃斯幾乎死於瘧疾、在海戰爆發前仍然十分虛弱。拿破崙自然不會向巴黎承認他是在戰前沒有為自己的海軍司令提供充分的海軍情報資料的情況下，就將這支艦隊送到一個連是否能夠駛入這個國家惟一一個港口的安全水域都不清楚的境地了。
法國艦隊失敗的影響，他們很快就感覺到了。失去了海軍、失去了重要的高階將領（布呂埃斯陣亡、維爾納夫和德克里斯已從海上逃離），拿破崙和他的遠征軍隊陷入了孤立無援的境地。海上的退路已被斷絕，在他們的周圍是一望無際的荒漠。剩下的惟一離開埃及的通路是在東北方敘利亞的土耳其海岸，但是大量的土耳其守軍封鎖了通往阿克、大馬士革和阿勒波的通道。拿破崙在7月就告訴過他的哥哥約瑟夫，一旦攻下開羅，他希望“回法國去過幾個月”。現在，隨著法國地中海艦隊的覆滅，已經不可能了。英國皇家海軍牢牢地掌握著海上的控制權， 他們可以在海上隨心所欲；而且，東地中海上的另外兩支艦隊，俄國和土耳其艦隊也開始與法國作對了。這意味著英國海軍成功地封鎖了埃及海岸，不僅阻止拿破崙從海上逃脫，而且封鎖了法國從海上送來的眼下極其需要的增援、 彈藥和其他供應物。到達埃及後一個月，拿破崙和他的遠征軍成了埃及的囚徒。
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第八章 深淵（5）
9月4日，拿破崙給布呂埃斯的父親寫了一封信：
閣下的兒子在後甲板指揮海戰時不幸被炮彈擊中。我現在懷著悲哀的心情通知將軍（布呂埃斯的父親也是海軍中將）閣下您的兒子陣亡的訊息。但是，他死得沒有痛苦而且死得光榮——這是惟一能夠使悲痛的父親得到安慰的。我們遠征軍全體將士都有可能遭到同樣的命運。 戰死疆場者是幸運的，他們將永遠活在後代人的記憶中。
這是拿破崙難得的充滿哀思的時刻，但很快就煙消雲散了，因為還有更加棘手的事情要應付——他必須從他自己一手造成的埃及大災難中解脫出來。
第九章 失敗的陰影（1）
法國遠征軍在埃及陷入了完全孤立無援的境地。英國巡洋艦大搖大擺地在埃及水域巡邏，封鎖了亞歷山大港，彷彿在隨時提醒法國人：他們在埃及的處境已發生了極大的變化。法國再派一支艦隊前來援救的可能性也愈來愈小。這種情況可能沒有誰比亞歷山大港的衛戍軍司令克萊貝爾將軍更清楚的了。
“我們必須放棄任何從海上與法國取得聯絡的進一步努力，將軍閣下，” 他於8月15日告訴駐守羅塞塔的梅努將軍，“除非英國艦隊撤離……因此，將你們的港口關閉，耐心等待形勢朝有利於我們的方向變化……我們這裡隨時可能遭到炮轟。”羅塞塔是尼羅河的兩個入海口之一，也是海軍和陸軍的重要補給地。失去了法國艦隊的保護，僅有600名守軍，“既沒有大炮、彈藥，也沒有錢”，這個要地顯然是朝不保夕的。處於這種境地的梅努將軍可以說是如坐針氈、焦慮萬分，他懇求讓自己回到“他的師團，離開這個使他發狂的鬼地方”。但是，即便如此，後來信奉###教改名阿布杜拉的梅努仍然不顧自身難保，卻為身在亞歷山大港、直接面對英國艦隊威脅、處境更為艱難的克萊貝爾打氣。他在8月4日的信中寫道：“你必須振奮精神，不要被問題所壓倒。”
阿布基爾海戰前在艦隊流行的那股不服從命令的風氣現在已蔓延到了陸軍。8月18日，貝爾蒂埃命令梅努將他指揮的炮艦和戰船交給新提升的海軍少將佩雷指揮時，梅努大聲反駁他的上司道：“我在這裡已經是一無所有了，現在你又要我交出我惟一的能用於自衛的炮艦和戰船……我正式表示拒絕。”
拿破崙在開羅的司令部儘可能將遠征軍面臨的嚴峻