6日前與普軍決戰。拿破崙作戰的一大弱點就是缺乏可靠的軍事情報，特別是在這場戰役中，照說他的德意志同盟以及他在柏林和普魯士軍中的直接內應應該能夠為他提供及時準確的情報。
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接到達武、奧熱羅和繆拉送來的大量報告之後，在13日上午9點，拿破崙終於意識到整個普軍已經向北轉移。他立即向達武、拉納、內伊、蘇爾特和貝納多特釋出一連串的命令，做好在耶拿決戰的準備或是追擊逃跑的普軍。下午3點，正在向耶拿城前進的拿破崙接到拉納的報告，說法軍已經佔領耶拿城。拿破崙進行了最後的戰略部署，決定將仍然處於魏瑪附近和耶拿之間的普軍主力一網打盡。
實際上，拉納的第五軍團在當天的早上就一舉攻下了耶拿，普軍慌忙逃竄，拿破崙在下午趕到耶拿城北和拉納會合。拿破崙傳令蘇爾特和內伊率部迅速趕到耶拿，並命令其他各部佔領耶拿北面的高地，在該高地上拿破崙配備了42門重炮。拿破崙認為布倫瑞克的軍隊已全部陷入包抄，便命令在瑙姆堡西部的達武和貝納多特（以及繆拉的騎兵師）長途急行軍趕到阿波爾達以斷絕普軍後路。10月14日拂曉6點，大霧瀰漫，拉納開始進攻。拿破崙萬沒有想到，此時他們面對的只是擔任後衛的霍恩洛厄軍團，普軍主力早已悄悄北撤了。法軍一開始就佔了上風，霍恩洛厄的幾個師遭到沉重的打擊。拉納軍繼續攻擊前進。11點，內伊軍團趕到參戰。霍恩洛厄沒有抓住機會突圍，而是等待瑞歇爾將軍的援軍到來；可是瑞歇爾的援軍卻姍姍來遲，在法軍發動進攻的兩小時期間，其損失十分慘重。
到12點30分時，拿破崙在前線的兵力已經達到5萬多人，而且還有4萬多人的後備力量，包括繆拉的騎兵團與內伊和蘇爾特從南部和西部調來的部隊。法軍正式發起進攻，將預備隊、近衛軍和騎兵團全部投入戰鬥。
霍恩洛厄意識到法軍的力量遠遠超過了自己，於是命令向北撤退，朝魏瑪方向逃跑。到下午3點，耶拿戰役法軍已經穩操勝券。一小時後，繆拉在通往魏瑪的路上追擊普軍，奧熱羅的軍團緊隨其後。他們不抓俘虜、不聽求饒，見普軍就殺，潰逃的普軍大多成了法軍的刀下之鬼。蘇爾特也將普軍的其餘殘部全部殲滅。
拿破崙命令清理耶拿戰役的戰果：法軍死傷5；000人，普軍死傷1萬人。直到那天晚些時候，拿破崙返回耶拿城時才得知他的9萬多人所擊敗的根本就不是普軍主力。而達武元帥率領的26；000人的第三軍團在奧爾斯塔特卻遇到了比他人數多出一半以上的、由布倫瑞克指揮的普軍主力。
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第二十五章 皇帝的進行曲（5）
達武和貝納多特在10月14日凌晨4點接到拿破崙的命令，要他們放棄瑙姆堡和奧爾斯塔特之間的北部地區，朝南進軍以協助他攻打耶拿。14日6時，達武的先頭部隊抵達奧爾斯塔特東北的漢森豪森村，濃霧之中，正好遇上普軍主力的前衛。兩軍對峙，達武陷入了布倫瑞克63；000人和230門火炮的重圍之中。其左翼居丹遭到由布呂歇爾③的騎兵和步兵做後盾的4個普軍軍團的攻擊。達武的處境十分危險。
就在奧爾斯塔特附近、正在朝耶拿前進的貝納多特軍接到了達武的求救信，貝納多特藉口不能違抗拿破崙的命令而拒絕前去助達武一臂之力，貝納多特歷來不喜歡達武。這是在拿破崙的重大戰役中第一次出現將領相互見死不救的情況。此後，類似的事情將時有發生，這會使法國和法國的大軍處於十分危險的境地。
貝納多特軍繼續懶洋洋地朝耶拿城前進，很晚才到達——這是惟一一個在這次戰役中成功地躲避了兩場血腥大戰的軍團。拿破崙對貝納多特不去援助達武以及遲遲才趕到耶拿