十分生氣——8英里路程，他們整整走了5個小時。如果他早一點趕到，至少可以有力地阻止普軍的潰逃，免去法軍朝北越過整個普魯士窮追普軍之苦。拿破崙在瑙姆堡當著一批軍官的面說：“我要把他提交軍事法庭審判……”拿破崙沒有忘記，就是這個貝納多特，在幾年以前任西布里塔尼軍司令時，曾經卷入過推翻拿破崙第一執政的陰謀——拿破崙應該在那時就對他下手才是，現在已經為時太晚了。現在，貝納多特的妻子德西蕾是約瑟夫妻子的妹妹，這個裙帶關係又救了貝納多特的命。
在奧爾斯塔特陷入重圍的達武仍然在英勇奮戰，普軍總司令布倫瑞克見法軍頑強抵抗，親率一團榴彈兵衝鋒，被飛彈擊中頭部而亡。普軍群龍無首，各自為戰，很快就處於不利地位。倒黴的普王失去了愛將，決策連連失誤，加之11時莫朗的師團趕到，加強了法軍左翼，解救了居丹，使他能加強中路。普王最後不得不下令整個普軍向魏瑪方向撤退。
“到12點30分為止，驕傲的普軍已經朝西北方向丟盔卸甲而逃。”拿破崙在下午4點成功地結束了耶拿戰役。4點半，精疲力竭的達武也成功地結束了奧爾斯塔特戰役。法軍在耶拿和奧爾斯塔特兩大戰役大獲全勝，普軍幾乎全軍覆沒。達武以2萬人的劣勢兵力擊敗了5萬人的普軍主力，消滅普軍達10；000多人，傷數千人，俘虜數千人，繳獲大炮115門，在法國軍事歷史上記下了光輝的一筆。達武為此也付出了沉重的代價，陣亡將士達7；000多人，各部減員達40％。而耶拿戰役中拿破崙減員僅5％。
“達武元帥的軍團創造了一個奇蹟。”拿破崙對達武的英勇作戰稱讚不已。“這位元帥表現了他卓越的勇敢和堅定的性格，這是作為一名武將所必不可少的。”但是在給約瑟芬的信中，拿破崙沒有提到達武的“卓越的勇敢”和非凡的戰功。“Mon amie（我親愛的），”他在耶拿戰役之後給約瑟芬的信中說，“我用妙計打擊普魯士人，昨天我打了一個了不起的戰役。”
拿破崙在官方的公告和報道中也沒有給拉納和他勇敢的軍團以應有的嘉獎。和奧斯特里茨戰役一樣，這位偉大的皇帝顯然有些嫉妒他的部下。不過，現在拉納對他曾經真心讚美過的拿破崙已經多有輕蔑之意：有一次，當拿破崙威脅拉納時，拉納毫無懼色地將手放在長劍的劍柄上警告這個科西嘉人做事不要太過分。
普軍繼續朝馬格德堡潰退，企圖從海上逃跑。拿破崙於10月15日下令展開了戰史上著名的大追擊。貝納多特的生力軍和拉納軍、蘇爾特軍、繆拉軍以及奧熱羅和達武的軍團兵分三路展開了全線追擊。到10月24日，他們逼近了柏林；次日，達武的軍團開進了柏林城。27日，拿破崙來到柏林城下，一進柏林他首先來到腓特烈大帝④的半身塑像前，向他崇敬的德意志武士脫帽致敬。
與此同時，拉納按照拿破崙的命令繼續率部追擊普軍的最後殘餘。飢餓疲勞、魂飛魄散的普軍向北逃跑，一路遭到貝納多特、蘇爾特和繆拉的窮追猛打。10月28日，霍恩洛厄在普倫茨勞被繆拉軍包圍，不得不率軍投降。
布呂歇爾和魏瑪公爵的2萬多人逃到了靠近丹麥國境的盧貝克，丹麥國王出於對拿破崙的畏懼，不准他們入境。11月5日和6日，3位法國元帥趕到盧貝克，將布呂歇爾的烏合之眾團團圍住，布呂歇爾潰不成軍，只得放下武器投降。
普軍最後一個尚未投降的要塞是由克萊斯特將軍守衛的、位於柏林西南的馬格德堡，11月10日，克萊斯特帶領全部守軍22；000人和600門大炮，向法軍的內伊元帥投降。和佔領盧貝克時一樣，佔領馬格德堡的法軍衝進城市的街道和房屋，如入無人之境。至於普魯士國王和他的愛妻、女中豪傑路易莎王后，帶著少數人馬逃向波羅的海邊的軍事重鎮柯