。”事實上，颶風常常將一隻小艇掀到另一隻小艇上面，有的小艇被撞碎，有的被巨浪掀翻，許多人溺死海中。布呂埃斯曾經勸拿破崙推遲登陸的計劃，但遭到拿破崙的斷然拒絕。一些載著屍體和傷殘者的小艇被海浪衝上海岸。終於，首批2；500人率先登上了馬拉布特海灘。拿破崙命令大炮和馬匹登陸，但是在這樣的天氣情況下，根本無法將大炮和馬匹從運輸艦卸下。
拿破崙是從來不會放棄自己的目標的。凌晨2點30分，他親自率領3個師約5；000人徒步向亞歷山大港進發。儘管食物和水都沒有來得及從船上卸下，他們還是在數小時內就來到了距開亞歷山大港一英里半的地方。夜色中，法軍遭到敵人騎兵的襲擊，雙方展開了一場混戰和廝殺。從此時到3年後法軍離開這裡為止，馬穆魯克騎兵的這種神出鬼沒的襲擊戰術從未間斷過。
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拿破崙在亞歷山大城下將軍隊分成3路向敵人發起進攻。亞歷山大城守軍的大炮缺乏彈藥，守軍本身更缺乏鬥志，經過輕火器的一陣交戰，上午11點，法軍攻破了城門，亞歷山大落入了拿破崙之手。根據貝爾蒂埃的報告（他的報告通常是由拿破崙口授的，因而值得懷疑），法軍死21人傷60人，登陸時有20 名士兵溺死。事實上，包括溺水在內的傷亡人數為數百人，其中梅努將軍在城下被石塊擊傷，克萊貝爾頭部中彈受重傷。午後，亞歷山大派出代表到拿破崙的司令部正式投降。
“我是來恢復你們的權利和懲罰那些篡奪者的。”7月2日，拿破崙用阿拉伯文向當地居民釋出公告。“我比馬穆魯克更尊敬真主，尊敬他的先知和《古蘭經》。”拿破崙決心打消埃及人的疑慮，表明他的友誼，以避免造成傳統的征服者的表象，他對自己的軍隊下達了一系列的禁令和懲罰令，包括對“任何掠奪百姓和強Jian民女者執行槍決”。另一方面，下令逮捕所有的馬穆魯克並沒收他們的一切財產。拿破崙下令埃及人在24小時內放下武器並由各個區域的代表送交法國軍隊，法軍保證友好相待並保護他們的利益。任何拒絕交出武器並“敢於對法軍進行反抗的村莊將被燒燬”。法軍所到之處將徵用一切可以用來進行運輸的牲畜，包括馬、驢子、牛和駱駝。除此之外，對於拿破崙來說，埃及人民（馬穆魯克統治階級的對立面）在理論上將是不可侵犯的。埃及的宗教、宗教領袖和寺院都將受到法國軍隊的尊重。拿破崙宣佈：“每一個埃及人都應該為消滅馬穆魯克而感謝真主，並高呼：‘光榮歸於蘇丹！光榮歸於法蘭西軍隊！把馬穆魯克逐出教門，幸福屬於埃及人民！’”
對於法國人來說，這是一場新的戰事，被征服者將受到保護；事實上，拿破崙經常感到在這方面難以維持他的軍令，也難以對違令者實施懲罰，他們的行動常常破壞他的政策。問題是違反軍令者常常是高階將領，他們有時是明目張膽地違抗命令，不斷地損壞著他的權威。儘管如此，他的政策是很明確的：他要贏得埃及人民（馬穆魯克除外）的人心，按照法蘭西的模式重新組建這個國家的政府，儘可能用和平征服的手段使之成為法國的殖民地。
有些法規，例如他要求埃及人將所有的武器上交法軍，是合乎情理的；但有些命令卻是極其荒謬的，例如，要求“亞歷山大的每一個居民使用三色包頭巾”。更難以執行的是，拿破崙要求法軍對“所有佩戴法軍三色肩章的高階穆斯林長官致敬”。這些命令都在全軍進行了宣讀。所有的穆斯林寺院必須受到尊重，拿破崙宣佈：“任何法國人，無論是士兵還是平民都不準擅自進入清真寺……凡違令者均槍決。” 軍隊也沒有以往的那種小小的自由了，拿破崙特別提醒軍隊在市場上“拿任何東西都必須付錢……不得搶奪和辱罵埃及人。我們必須和他們交朋友，我們的戰爭矛頭只能對準馬穆魯克”。