處於不利狀態，法軍中央部隊和右翼部隊乘勢猛攻。歐仁命令麥克唐納軍團的26營人排成每邊長達一公里的方陣，在左翼的帝國衛隊騎兵團和右翼的鐵甲騎兵團的配合下，冒著高溫，踏著鼓點率先向敵中央陣地席捲而去。他的8；000人在幾分鐘裡就傷亡了5；500人；儘管損失重大，剩下的2；500人最終還是突破了奧軍的中心，後面的部隊隨之如潮水而來。奧軍被迫全線撤退。下午2點，老將馬塞納的部隊控制了已成一片廢墟的埃斯林。歐仁的義大利軍在烏迪諾和馬爾蒙元帥強有力的支援下困死了瓦格拉姆的奧軍。戰果輝煌的達武軍仍在右翼追擊羅森伯格軍。下午4時，從一開始在人數上就佔劣勢而一直頑強抵抗的查理大公得知他望眼欲穿的弟弟約翰大公的部隊還在10多公里之外，大失所望。傍晚時分，查理大公接受戰敗的事實，下令奧軍有次序地撤出戰場。戰場的西面，多瑙河的對岸，維也納人站在哈布斯堡王朝首都古老的城牆上，手持望遠鏡觀看著河對岸悲慘的場面，至少他們都能聞到硝煙和瓦格拉姆村莊麥田焚燒的焦臭。法國炮臺的大炮因擔心傷及越過田野追擊奧軍的自己人，已經停止了轟鳴。查理大公的部隊又一次退進波希米亞山區。至此，他的以弧形防線圍殲法軍的計劃已基本失敗，他雖已將法軍誘進了網裡，但無力拉網，網底反被法軍打穿。拿破崙這時才意識到自己已經獲得了瓦格拉姆戰役——軍事史上非凡的戰役——的全面勝利。
疲憊不堪的法軍已經無力繼續追擊逃跑的奧軍，就連拿破崙自己在連續不斷地指揮作戰之後，精神和肉體上也相當的疲憊了。他的軍隊已經無法再戰， 站著計程車兵會突然倒地而臥，傷員會突然死去。如果奧地利人有一個更加自信的指揮官，形勢可能會向完全不同的方向發展，雖然查理大公的基本作戰方案無懈可擊，但他缺乏個性和自信。
瓦格拉姆一戰，奧軍死傷32；000餘人，被俘7；500餘人，其中747名是軍官（4名將軍），失去了20門火炮和一面軍旗，綜其損失仍不亞於奧斯特里茨戰役。而法軍傷亡32；500人，被俘7；000人。事實上，法軍傷亡的人數可能還要高得多。死傷中有1；866名軍官（包括30多名將軍），外加失去12面軍旗和21門火炮。可見法軍付出的代價極其高昂。
拿破崙以前從來沒有在戰鬥中損失過這麼多的火炮和軍旗，拿破崙從來沒有損失過這麼多的高階軍官，他以前也沒有剝奪過自己元帥的權杖——而且是在大敵當前的戰場上！在他的軍事生涯中，這是第一次在戰場上遇到了強勁的對手——如果查理大公能夠保持埃斯林和阿斯佩恩的勢頭，瓦格拉姆戰役的結局將和前面戰役的結局一樣。在瓦格拉姆戰役中，查理大公集中兵力打擊法軍左翼，致使法軍付出沉重的代價——他使得法軍中少了一位名叫貝納多特的元帥，可是他卻使法軍中增加了一位名叫麥克唐納的元帥。的確，除了貝納多特之外，法軍將領在瓦格拉姆戰役中的表現都異常突出。可是，從另一方面看，卻有成千上萬的法國、義大利和德意志的新兵，在戰火中被打得退下陣來，在刺刀的威逼下不得不走向死亡。瓦格拉姆戰役在很多方面都是一場不同尋常的戰役，法軍雖然在戰術上取得險勝，代價卻過於沉重。拿破崙的許多無法替代的高階將領在戰役中捐軀，包括德埃斯帕內、 伊萊爾、拉薩爾以及自義大利戰役以來就一直跟隨拿破崙左右的拉納元帥。
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第三十章 瓦格拉姆（3）
7月8日，馬塞納、馬爾蒙、烏迪諾和達武按照命令搜尋退卻的奧軍，追兵和奧軍後衛發生激戰；傷亡人數繼續增加。7月10 日，馬塞納發現了組織依然良好的奧軍主力，發生激戰，查理大公招架不住，奧軍四散潰逃。7月11日，查理大公派出使者要求停戰。