次日早上，馬塞納和查理大公在停戰檔案上籤了字。
弗朗西斯皇帝再次蒙受成為法國手下敗將的恥辱，不得不放下武器再次求和；為此，他一氣之下解除了他的弟弟查理大公的職務，雖然這個職務沒有任何其他人可以替代。
戰爭結束了。處理了安頓傷兵等戰後事務之後，拿破崙和他的副官、侍從一起回到了肖恩布魯恩宮，對整個戰役進行分析，並起草與奧地利的和平條約。
和弗裡蘭德、艾勞、耶拿、奧爾斯塔德和奧斯特里茨等所有戰役一樣，瓦格拉姆戰役有它另外的一面，也就是軍醫和傷員所看到的一面。
克萊貝爾在埃及戰役之後就總結過：“將軍（指當時的拿破崙）每天要消耗6；000人的生命！”“皇帝拿破崙對人命毫不珍惜。”一個多世紀後的兩個歷史學家都不約而同地這樣評論拿破崙。拿破崙在這場有名的戰役之後想到屍橫遍野的戰場，也對約瑟芬承認道：“這是戰爭中最不好的一面。看到如此眾多的犧牲者，真是令人悲傷和感動。”可是，在艾勞戰役中發生可怕的大屠殺之後，他不著力謀求和平，卻繼續發動另一場戰爭。拿破崙在對一場接一場的屠殺渴求中有一種極其病態的施虐和受虐狂的慾望。一場大屠殺後照例是淚流滿面地來到槍炮聲逐漸消匿的戰場上，面對遍地哀鴻，痛悔不已。眼望血流成河的戰場，他的確心如刀絞，但是這種場面又的確是他的生活中不可或缺的，哪怕這種場面意味著可能危及他自己存在的危險的臨近也無妨。“我手下有30萬人可以為我去死！”在一場大戰後他曾經這樣對沙皇亞歷山大吹噓道。
“一旦我們偉大的皇帝開始前進，必將勢不可擋；一切敢於阻擋他的敵人都將被車輪壓得粉身碎骨。”
拿破崙對傷兵的護理問題也不甚重視，即使軍醫官拉雷年復一年地再三要求，他仍然拒絕成立固定的軍醫團。“根本就談不上什麼醫療救護！”連不怕死的達武元帥在第一次多瑙河戰役後也這樣抱怨。蘇爾特軍團的另一位軍醫德埃拉爾德這樣回憶道：“在奧斯特里茨戰役的前夜，拉雷先生居然連繃帶都沒有，他要求我給他一些繃帶；我只有一些紗布和擦拭大炮的棉布，但只夠四五百傷員使用，此外就只有兩箱截肢用的醫療器械了。”這是在一場有9；000多法軍傷亡的戰役之前的情況，這些傷員遭到了拿破崙的拋棄。當軍醫拉雷的朋友、另一名軍醫皮爾·弗朗索瓦·佩爾什向拿破崙呈報健全戰地醫療救護的計劃和要求時，拿破崙既不支援也不讚賞。“我懇請陛下允許我斗膽告知，您對佩爾什提出的計劃的回絕使整個軍醫隊遭到了沉重的打擊。”軍醫讓·巴蒂斯特·圖裡奧在弗裡蘭德大戰前9天對拿破崙抱怨道。軍醫界一片悲嘆。許多軍醫因而不願在軍中繼續服務，有60名軍醫在戰前被自己所看到的極差的醫療情況嚇壞，不約而同地紛紛逃回法國。
1809年4月13日，拿破崙終於下令成立軍醫團，總共包括1；250名軍醫和護理人員（全是男性）。雖然拿破崙可以在一個月內將布倫的軍隊調集到萊茵河畔（徒步行軍），可直到瓦格拉姆戰役前夕，即宣佈成立軍醫團3個月後，軍醫團仍然是一紙空文。拿破崙的命令總是得到雷厲風行的貫徹，這個命令卻是個例外。
1809年3月，拿破崙命令在西班牙組織急救隊從馬德里出發，6月27日才到達維也納，對於5月的阿斯佩恩和埃斯林之戰中的大量法軍傷亡者毫無作用。在該戰役中，拉雷幾乎是獨自一人為所有的傷員做手術，有1600名傷員因救治不及時而死亡（在西班牙甚至連一名軍醫都沒有了）。正是在這次戰役之後，拿破崙的軍隊將羅堡島改名為“悲慘島”。
1809年7月17日，瓦格拉姆戰役後的第11天，軍醫官圖裡奧給拿破崙寫信指出，野戰醫院缺乏基本的醫