、中、後三殿是必不可少的；而左有配殿則是根據傳統的建築形制——對稱結構設計而成，主要是出於傳統習慣和美學上的考慮。像這樣的地下建築形制，從文獻分析，在十三陵中最晚也應從明英宗的裕陵就已形成。
成化四年（1469年）六月，英宗皇后錢氏崩。為葬錢氏，宮廷內曾有過一場不小的論爭。從明朝開國皇帝朱元璋創立一帝一後的葬制後，其下的幾代帝后均按此制度執行。第五代皇帝英宗朱祁鎮，見皇后錢氏無子，為避免死後發生糾紛，臨死前留下遺詔：“皇后錢氏，名位素定。當盡孝養，以終天年”，並要錢氏死後同他合葬。其後憲宗皇帝即位，因他是皇貴妃周氏所生，故又封生母為皇太后，
在葬錢氏時，周皇后想，從大明洪武至仁宗，陵內均是一帝一後，如果錢氏葬十英宗的裕陵，自己壽終後就不能與英宗合葬了，因此主張把錢氏另葬別處。
訊息傳出，舉朝震驚。群臣以英宗遺詔為據進行抗爭，但周皇后仍不改初衷。群臣見上疏無效，就跪在文華殿前哭爭。憲宗朱見深見群臣伏地不起，便提出將玄宮分成三殿，這樣既能葬錢氏，也能照顧母親周皇后。事情既然發展到如此程度，周皇后只好答應。但又別出心裁，提出一個條件，要把錢氏入葬的左殿隧道口堵死，只讓將來安放自己的右配殿和中殿相通。埋葬錢氏時，朱見深按母親的要求做了。所以裕陵地宮，左右配殿一通一塞。朱元璋之後的一帝一後的葬制，從此便被打破了。從這段史料分析，地宮的左右配殿是安放皇后的。
萬曆皇帝也曾想打破此制度，1597年皇貴妃李氏崩，他傳下口諭：“我念皇貴妃李氏，侍候我好，又生有皇子，應安葬在壽宮右穴。”但被大臣以無妃嬪葬壽宮為例阻攔，沒有成功。當時萬曆皇帝何以置祖制於不顧，傳此口諭，其用心尚不清楚。最後結果是把李氏葬在定陵以南的銀錢山下，既然地宮左右配殿專為皇后設定，為何定陵玄宮的配殿空蕩無人，而兩個皇后的棺槨卻都放在了後殿？
定陵發掘時，考古人員在玄宮後面的寶城內側，發現了刻有“左道”、“右道”的字樣。從字跡的用意分析，應是通往左右配殿中，也就是這兩殿的隧道入口。因為沒有發掘，只在裡面看到石門和門外的金剛牆，其隧道的具體形狀尚不清楚。當時推斷，這兩條隧道應是皇后棺槨的入口。那麼，兩位皇后的棺槨進入陵園後，應先繞到玄宮之後，沿兩條隧道分別進入左右配殿。但帝后入葬時，正處在大雨季節，‘玄宮不可久洩”，整個地宮只挖開前方的一條隧道通往前、中、後三殿，配殿隧道沒有開啟，這時的皇后棺槨，也只好跟隨萬曆皇帝一起從正門隧道運往玄宮。進到中殿後，由於通向配殿的甬道狹窄，巨大的棺槨無法進入，匆忙中只好將兩個皇后的棺槨都運往後殿，跟萬曆皇帝“同床共寢”了，
既然兩條甬道不能通行棺槨，那麼如此設計又有何益？
從皇帝生前築造豪華的壽宮來看，無非是相信靈魂不滅，人死後靈魂依然像人間一樣生活。配殿中設甬道和正殿相接，正是為了帝后的靈魂在宮內相通，彼此恩愛如故。這一點從裕陵地宮配殿的一通一塞，便可窺其一斑。
謎團已經解開，但似乎又不盡人意。新的謎團仍纏繞著後來的研究者和挖根問底的觀光人，生出一個個疑問。
孝端皇后4月病故，其棺槨應已俱備。6月玄宮被開啟，直到10月3日，她的棺槨才和萬曆皇帝一起運進玄宮。玄宮內甬道狹窄，皇后的巨大棺槨不能穿過它進入配殿，在長達3個月的時間內居然無人想到是不可能的。既然已經想到，為何不又開配殿的隧道，以至破壞帝后葬制呢？更奇怪的是為埋葬孝端後開啟玄宮隧道時萬曆皇帝尚且健在，也就是說，這左右配殿隧道是專為埋葬皇后而設，為何不開左右配殿隧道而非開玄宮前殿？這就