構都開始對科爾特斯日益增強的權力感到不安。
科爾特斯給查理五世的第五封信試圖為他的行為辯護，信的結尾對“各種強大的競爭對手和敵人”進行了尖銳的攻擊，稱他們“矇蔽了陛下的眼睛”。
查理五世同時也是神聖羅馬帝國皇帝，對於遙遠的殖民地幾乎沒有時間管理（查理的大部分統治時間都用於與法國、德國的宗教改革者以及不斷擴張的奧斯曼帝國的戰爭），除非這些殖民地有助於為他的戰爭提供資金。
在征服的那一年1521年，查理五世正忙於處理他在德國的事務，而烏特勒支的主教阿德里安（bishop adrian of utrecht）在西班牙擔任攝政。
韋拉斯凱斯和豐塞卡（fonseca）說服攝政任命了一位專員，賦予其調查科爾特斯行為的權力，甚至可以逮捕他。
科爾特斯曾說，“和自己的同胞競爭比與阿茲特克人競爭還要困難”。
1526年，科爾特斯在庫埃納瓦卡（cuernavaca）為自己建造了一座宏偉的住宅——科爾特斯宮，這個地區靠近首都（現代墨西哥中部偏南），他在此擁有大量的恩給制地契（enienda）地產。
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韋拉斯凱斯總督繼續成為他的一根刺，與西班牙殖民部門的首席官員胡安·羅德里格斯·豐塞卡（bishop juan rodriguez de fonseca）聯手在印地安委員會中削弱他。
在科爾特斯返回探險幾天後，龐斯·德·萊昂（ponce de leon）暫停了科爾特斯擔任新西班牙（new spa）總督的職務。
隨後，龐斯·德·萊昂生病，並在抵達後不久去世，任命馬爾科斯·德·阿吉拉爾（ars de aguir）為市長。
年邁的阿吉拉爾也生病，並任命阿隆索·德·埃斯特拉達（alon de estrada）為總督，埃斯特拉達在1527年8月的皇家法令中得到了確認。
科爾特斯被懷疑毒死了他們，因此沒有接管政府。
埃斯特拉達派迭戈·德·菲戈羅亞（diego de figueroa）南下。
菲戈羅亞搶劫墳墓並勒索貢品，最後在運載這些財寶的船隻沉沒時喪命。
阿爾博爾諾斯（albornoz）說服阿隆索·德·埃斯特拉達釋放貢薩洛·德·薩拉薩爾（gonzalo de sazar）和奇裡諾斯（chiros）。
當科爾特斯憤怒地抱怨他的一名追隨者的手被砍掉後，埃斯特拉達下令將他流放。
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1528年，科爾特斯返回西班牙，他向國王查理五世申訴。
胡安·阿爾塔米拉諾（juan altairano）和阿隆索·巴連特（alon valiente）留在墨西哥，作為科爾特斯在他缺席期間的代表。
科爾特斯以極大的光彩出現在查理五世的宮廷面前。
此時查理五世已經回國，科爾特斯直截了當地回應了敵人的指控。
他否認自己隱瞞了應歸王室的黃金，顯示出自己貢獻的遠超過法定的五分之一。
事實上，他在建造墨西哥城的新首都方面花費奢華，這座城市建立在阿茲特克首都特諾奇提特蘭（tenochtitlán）的廢墟上，而特諾奇提特蘭是在摧毀阿茲特克帝國的圍城中被夷為平地的。
查理五世以極高的禮遇接見了他，並授予他聖地亞哥騎士勳章。
作為對他擴充套件仍然年輕的西班牙帝國努力的回報，科爾特斯在1529年獲得了貴族頭銜“堂”（don），但更重要的是被封為“瓦哈卡谷的侯爵”（arés del va