麗·路易絲舉行盛大的婚禮儀式以前，他就已經佔領了幾乎整個西班牙北部。而實際上，在法國軍隊的保護下，歸約瑟夫直接掌握的僅有新卡斯特爾、塞哥維亞以及中部的艾維拉。
儘管法國軍隊的政客及統帥都直接從西班牙人身上搜刮賦稅，但軍隊的負債現象已遠遠超出了控制，每月，巴黎方面將2000萬～3，000萬法郎用於直接鎮壓西班牙起義及其軍隊。除埃及戰役，拿破崙以前從未堅持過要月復一月、年復一年地對某一特定的國家實施長期的作戰計劃。在荷蘭、德意志、普魯士、奧地利和義大利等地拿破崙都曾有過戰爭，但戰爭的規模和時間都難以和伊比利亞相比，通常為幾個月而已。在伊比利亞，有近25萬～30萬法國軍隊參與了這場持久戰。戰爭的傷亡人數在不斷增加； 戰爭開支亦在不斷增多。“西班牙戰爭的開銷對我而言過於沉重了。”1810年拿破崙向約瑟夫這樣警告道，但拿破崙並沒有承認失敗，相反繼續擴大軍隊人數，增加軍費開支。“陛下正在對這個國家加重負擔，而這一重負我們已無力承擔下去了。”約瑟夫絕望地說道。
和荷蘭的路易以及威斯特伐利亞的熱羅姆一樣，可憐的約瑟夫身上的重擔日益增加，拿破崙處心積慮地想要把他的兄弟榨乾，使他們陷入了羞辱之中；另一方面，拿破崙毫不隱瞞他想要成為獨立的葡萄牙王國國王的野心。然而，法國軍隊的主要統帥如內伊、馬塞納、馬爾蒙在大多數情況下都對拿破崙的命令聽而不聞，只有儒爾當元帥支援他。另一方面，各地的游擊戰也將約瑟夫國王和法軍搞得焦頭爛額，他們已成功地打擊了裝備良好的法國縱隊，截獲了他們的軍需供應。
整個西班牙戰爭期間，約瑟夫的表現讓拿破崙很不滿意。西班牙對法國的憎恨將消失，約瑟夫最初曾這樣想，他們會看到法國帶來的“更加明智、更加自由的法律，這一切比以往的宗教政策更加適應時代的潮流”。然而，當約瑟夫到達馬德里，親身經歷了當地的反法起義並親眼目睹西班牙人民的反法起義被繆拉的軍隊殘酷鎮壓之後，他的態度有所轉變了。約瑟夫也很快發現在民族戰爭期間是沒有自由思想的空間的，目前為止，西班牙已經整個成為一個戰場了。這塊土地已備受戰爭的創傷，而約瑟夫想要緩和西班牙人民所受的磨難的良好願望在這個國家結束同法國的戰爭以前是無法實現的。約瑟夫再次向拿破崙懇求終止戰爭，以用仁愛與信任來贏得西班牙人民的擁護。拿破崙對約瑟夫這一可笑而“幼稚”的想法的反應十分暴躁，他逐步剝奪約瑟夫的實權，甚至解除了約瑟夫的總指揮儒爾當元帥的職務，而用包括蘇爾特和馬塞納這樣的親信取而代之——這兩人公開表示服從拿破崙並拒絕聽從約瑟夫的命令。很快，幾乎再沒有一個駐伊比利亞的法國將軍或元帥願意聽從約瑟夫的命令了。
約瑟夫自己也越來越少接見法國官員了，反而親近西班牙官員，再一次步上了荷蘭的路易以及威斯特伐利亞的熱羅姆的後塵。不久，“傀儡約瑟夫國王”就成了巴黎的敵對勢力。“皇帝陛下已成為以約瑟夫國王為首的宮廷所嘲諷的物件了。”塞巴斯蒂安尼將軍向拿破崙這樣報告道。憤怒的約瑟夫毫不掩飾他作為國家及家族統領的權力。“約瑟夫仍深信他是我大哥，他仍想要這個波拿巴家族族長的頭銜——還有比這更荒謬的事嗎？”拿破崙這樣評論道。拿破崙的軍隊在伊比利亞半島所遇到的一連串的挫敗只會加劇兩兄弟間的對立和傷害，他們彼此都認為自己是可憐的犧牲者。“眼下，西班牙的公眾對我們已是完全敵對了。”約瑟夫這樣告訴仍留在巴黎而不願前來西班牙的朱莉王后。拿破崙不得不開始聽從他的勸告了。“告訴皇帝陛下，提醒他目前的情況已十分危急了，他那偉大的榮譽、權力乃至他的子孫也將處於相同的境地，他的情況比我還糟糕。”“在此種情況下，我在這裡的理